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adamm

铁虫 (正式写手)

[交流] DNA片段无法用gaussian计算? 已有2人参与

大家有经验没有?

我在做AT,GC两对碱基对的DNA立体短片段的结构优化时候,出来的结果总是为圆环型,而不是阶梯型;而用力学计算的结果却大致是复合通常所见的阶梯型!

难道计算DNA电子结构的时候,只能是先用力学方法优化结构,然后直接使用此结构在使用DFT计算电子结构么?

发表的文章多是研究单个碱基,或一对碱基对的,没有看到有做DNA片段DFT计算的哦~
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阿德

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主,请问你做DNA结构优化的意义在哪呀,是指什么样的结构?

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2013-11-26 22:16:30
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virtualzx

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你用的什么泛函?B3LYP是不行的。
3楼2013-11-27 02:27:16
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adamm

铁虫 (正式写手)

用自己构建的简单结构,计算DNA在电场下的电荷传输等。

令问一下:B3LYP不成,可以的泛函是什么呀?看文献好像是不能用来优化,但用力学模拟后的结构却可以用这个泛函来计算的。
4楼2013-11-28 16:21:06
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