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lmingshu

新虫 (小有名气)

[求助] 自定义溶剂参数

我的溶剂在高斯自带的里面没有,我怎么写输入文件呢?需要自定义的参数都有哪些呢?万分感谢,急求!!!我用的是PCM模型,我知道的有:需要输入介电常数的值,还有什么呢?
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

【答案】应助回帖

根据我的理解,generic是自定义的意思。

每种溶剂的定义方式是不一样的。
如果你的确要经常用到溶剂效应,请仔细阅读Gaussian09关于scrf关键词的使用。
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scrf.htm

比如,使用smd模型你就需要定义如下内容:
index of refraction
Abraham's hydrogen bond acidity
Abraham's hydrogen bond basicity
surface tension
dielectric constant
aromaticity
electronegative halogenicity

相应的在Route部分
scrf=(SMD,solvent=generic,read)

文件结尾
SolventName=my_custom_solvent
EpsInf=X
HBondAcidity=X
HBondBasicity=X
SurfaceTensionAtInterface=X
Eps=X
CarbonAromaticity=X
ElectronegativeHalogenicity=X
其中X是这些性质的实验值。
据权威报纸调查,84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历,故应该禁止经营电子游戏。据我们所知,100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历,故制鞋厂应该停业。
7楼2013-11-12 21:38:07
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普通回帖

hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+5 2013-11-12 03:27:33
lmingshu: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-11-12 11:02:41
lmingshu: 金币+30 2013-11-12 11:02:59
ben_ladeng: 专家考核 2013-11-12 20:59:22
除了介电常数还有一个称为动态或频率依赖的介电常数
你可以按照如下方式定义:
scrf=(pcm,solvent=generic,read)

在文件结尾给出
SolventName=my_custom_solvent                  这个你可以随便起一个名字
EpsInf=X                                                     这个是频率依赖的介电常数,数值是折射率的平方。
Eps=X                                                         这个是介电常数

Gaussian公司官方的Clemente博士说:“如果是基态计算,只需要Eps,如果是激发态计算,两个都需要”。
不过我没有尝试过,你可以试试看。

相关解释的原文如下:
If you use IEF-PCM or C-PCM models in G09, only two solvent descriptors are used, the dielectric constant (EPS) and the dynamic, or frequency-dependent, dielectric constant (EPSINF, which is the square of the refraction index). Only the first (EPS) of the two is needed for SCF ground state calculations, but both are needed (EPS and EPSINF) if doing an excited state calculation, computing frequency-dependent properties, or doing post-SCF calculations. So, one would use "SCRF=READ" and then add "EPS=XXX" in a separate section of the input file.
据权威报纸调查,84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历,故应该禁止经营电子游戏。据我们所知,100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历,故制鞋厂应该停业。
2楼2013-11-11 23:27:37
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lmingshu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hairan at 2013-11-11 23:27:37
除了介电常数还有一个称为动态或频率依赖的介电常数
你可以按照如下方式定义:
scrf=(pcm,solvent=generic,read)

在文件结尾给出
SolventName=my_custom_solvent                  这个你可以随便起一个名字
...

非常感谢您的回复,您的意思也就是说定义一个新的溶剂,如果是基态的计算,只需要一个参数(介电常数EPS)是吗?RSOLV(溶剂的分子半径),DENSITY(溶液的密度)都不需要是吗?万分感谢
3楼2013-11-12 09:35:03
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lmingshu: 金币+20 2013-11-12 15:48:09
ben_ladeng: 专家考核 2013-11-12 20:59:30
因为我没有用过,不太确定,所以我把当时与Clemente通信中的相关内容给你贴出来了,你自己仔细琢磨一下那段英文。
据权威报纸调查,84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历,故应该禁止经营电子游戏。据我们所知,100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历,故制鞋厂应该停业。
4楼2013-11-12 15:15:45
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lmingshu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hairan at 2013-11-12 15:15:45
因为我没有用过,不太确定,所以我把当时与Clemente通信中的相关内容给你贴出来了,你自己仔细琢磨一下那段英文。

好的,谢谢您哈
5楼2013-11-12 15:47:50
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lmingshu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hairan at 2013-11-12 15:15:45
因为我没有用过,不太确定,所以我把当时与Clemente通信中的相关内容给你贴出来了,你自己仔细琢磨一下那段英文。

我还想问下您,scrf=(pcm,solvent=generic,read)里面的generic是什么意思呢?换做其他溶剂的话需要改变吗?非常感谢您
6楼2013-11-12 16:49:05
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何飘同学

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
6楼: Originally posted by lmingshu at 2013-11-12 16:49:05
我还想问下您,scrf=(pcm,solvent=generic,read)里面的generic是什么意思呢?换做其他溶剂的话需要改变吗?非常感谢您...

1.generic是自定义的意思,只要你是建立新的溶剂模型(高斯里没有的),就需要用solvent=generic,然后在末尾设置你想要采用的溶剂的参数,换做其他溶剂的话,solvent=generic不需要改变,而是在后面的参数设置改变以示区别.
2.在末尾设置参数一般同时包括三个(以甲醇为例):
eps=32.63         (必须输入的项)
epsinf=1.758    (近似等于折射率的平方,一般对于基态的计算可以不用此项)
RSolv=3.05      (用volume计算后得到,单位为埃)
               (最后空一行,结束)
8楼2013-11-13 09:05:17
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lmingshu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by hairan at 2013-11-12 21:38:07
根据我的理解,generic是自定义的意思。

每种溶剂的定义方式是不一样的。
如果你的确要经常用到溶剂效应,请仔细阅读Gaussian09关于scrf关键词的使用。
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scrf.htm

比 ...

要设置这么多参数啊?
9楼2013-11-13 15:08:41
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lmingshu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 何飘同学 at 2013-11-13 09:05:17
1.generic是自定义的意思,只要你是建立新的溶剂模型(高斯里没有的),就需要用solvent=generic,然后在末尾设置你想要采用的溶剂的参数,换做其他溶剂的话,solvent=generic不需要改变,而是在后面的参数设置改变以示区别 ...

我看高斯09说明书里面只有用AddSph 或Surface=SAS时,才用到RSolv,是不是呢?我也看不大明白了。谢谢您
10楼2013-11-13 15:11:24
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