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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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芳芳在考研

银虫 (小有名气)

[求助] 反向PCR遇到的问题 求大神大牛们的指点!

反向pcr做了两个月,实验步骤,提基因组,酶切消化,T4连接,纯化产物,PCR,之前p出来都是糊带,最近发现T4连接后浓度就已经变得很低很低,几乎没有,纯化后就更少了。200微升连接体系。用的Sau3A1酶切,37度过夜,连接是16度,至少五个小时。十个小时的也连过,但是都是一样的浓度低。酶切的时候是取的10微升DNA去切,50微升体系,过夜后65度灭活20分钟,然后连接,取的是12.5微升酶切产物。
   希望得到各位的指点,实验新手急需帮助啊!
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努力。。。
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芳芳在考研

银虫 (小有名气)

不能沉啊,求助求助!!!!!11!
努力。。。
2楼2013-11-06 21:54:43
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-11-07 11:30:37
芳芳在考研: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-11-07 13:20:15
扩旁侧未知序列?多提点基因组DNA,全部酶切,连接,20微升太少了。适当的用乙醇沉淀提高DNA浓度在做下一个步骤,比如酶切前,连接前,PCR前都可以醇沉一下提高浓度,用小一点的反应体系。连接完,即使少,也可能可以PCR。PCR不好的话,检查一下引物,推荐用两对引物做反向巢式PCR。
为什么
3楼2013-11-07 08:26:28
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芳芳在考研

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 547star at 2013-11-07 08:26:28
扩旁侧未知序列?多提点基因组DNA,全部酶切,连接,20微升太少了。适当的用乙醇沉淀提高DNA浓度在做下一个步骤,比如酶切前,连接前,PCR前都可以醇沉一下提高浓度,用小一点的反应体系。连接完,即使少,也可能可 ...

全部酶切?那我取50微升DNA加1微升酶还有25微升BUFFER去酶切行吗?再乙醇沉淀之后,然后再把酶切产物75微升全部用来连接?
努力。。。
4楼2013-11-07 08:47:29
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547star

木虫 (著名写手)

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-11-07 11:30:44
引用回帖:
4楼: Originally posted by 芳芳在考研 at 2013-11-07 08:47:29
全部酶切?那我取50微升DNA加1微升酶还有25微升BUFFER去酶切行吗?再乙醇沉淀之后,然后再把酶切产物75微升全部用来连接?...

要25微升这么多,多少X的buffer啊?一般10x的buffer的话用6微升,50微升DNA,3-4微升内切酶,总体积60微升,供参考。酶切完,部分电泳,怎么也剩50微升吧,因为是Sau3A1酶切,就不做胶回收了,直接加热失活后用试剂盒纯化或2倍乙醇沉淀,再溶解于20-30微升纯净水,进行30微升左右的连接,连接产物进行PCR。
为什么
5楼2013-11-07 11:11:06
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芳芳在考研

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 547star at 2013-11-07 11:11:06
要25微升这么多,多少X的buffer啊?一般10x的buffer的话用6微升,50微升DNA,3-4微升内切酶,总体积60微升,供参考。酶切完,部分电泳,怎么也剩50微升吧,因为是Sau3A1酶切,就不做胶回收了,直接加热失活后用试剂 ...

谢谢啊,恩,早上做的60微升体系酶切,但是酶加了1微升,还有,是把剩下的50多微升全部来连接吗?
努力。。。
6楼2013-11-07 13:49:01
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 芳芳在考研 at 2013-11-07 13:49:01
谢谢啊,恩,早上做的60微升体系酶切,但是酶加了1微升,还有,是把剩下的50多微升全部来连接吗?...

留着也没用的,做不出来宁可全部重来。前面体系大点,最后用的时候浓度才够高。PCR的模板,浓度高,纯度高,才容易成功。
为什么
7楼2013-11-07 17:19:45
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547star

木虫 (著名写手)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-08 10:43:31
Sau3A1酶切最好是做不同时间的,就是在切割不同时间后取出热失活,或者先对同一批基因组DNA进行预实验,看看切多久合适。酶切过夜容易把基因组DNA切成碎片,做反向PCR的时候,得不到PCR产物,或者PCR产物太小,达不到研究目的。
为什么
8楼2013-11-08 09:35:33
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