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shabeir

金虫 (小有名气)

[求助] 跑出盒子的原子怎么移回来

我拿到一条别人的轨迹,需要分析,可是那条轨迹的蛋白都跑出盒子了,这种情况怎么把所有原子移回一个盒子里呢?
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


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月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-10-29 14:16:40
用的是什么软件跑的?问问有没有设置周期性边界条件?如果有,那另一边就应该有相同原子进来。
gromacs
2楼2013-10-25 23:55:48
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shabeir

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2013-10-25 23:55:48
用的是什么软件跑的?问问有没有设置周期性边界条件?如果有,那另一边就应该有相同原子进来。

NAMD跑的,当然有周期性边界条件啦,我不确定他们怎么保存保存的轨迹,一般情况轨迹是原来那个盒子,但是现在我拿到了人家的轨迹确实不在一个盒子,我需要移到一个盒子里。
3楼2013-10-25 23:59:19
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-10-29 14:16:59
这是设参数的时候没有打开wrapall引起的

VMD里面有个插件能解决这个问题,你搜下吧。。叫什么名字我忘了
4楼2013-10-26 10:15:59
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