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shabeir

金虫 (小有名气)

[求助] 跑出盒子的原子怎么移回来

我拿到一条别人的轨迹，需要分析，可是那条轨迹的蛋白都跑出盒子了，这种情况怎么把所有原子移回一个盒子里呢？
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1楼 2013-10-25 22:48:45
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-10-29 14:16:40
用的是什么软件跑的？问问有没有设置周期性边界条件？如果有，那另一边就应该有相同原子进来。
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gromacs
2楼2013-10-25 23:55:48
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shabeir

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2013-10-25 23:55:48
用的是什么软件跑的？问问有没有设置周期性边界条件？如果有，那另一边就应该有相同原子进来。

NAMD跑的，当然有周期性边界条件啦，我不确定他们怎么保存保存的轨迹，一般情况轨迹是原来那个盒子，但是现在我拿到了人家的轨迹确实不在一个盒子，我需要移到一个盒子里。
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3楼2013-10-25 23:59:19
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-10-29 14:16:59
这是设参数的时候没有打开wrapall引起的

VMD里面有个插件能解决这个问题，你搜下吧。。叫什么名字我忘了
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4楼2013-10-26 10:15:59
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