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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS构建药效团decoy数据库构建
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xiaodaolai

银虫 (小有名气)

[求助] DS构建药效团decoy数据库构建

本人现在在做药效团，希望构建出Decoy数据库加以验证，请问怎么构建Decoy数据库啊？
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如果时光倒流，我们又能抓的住什么
1楼 2013-10-15 11:17:52
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iovvoi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
decoy数据库就是测试集  由活性分子和非活性分子组成
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2楼2013-10-15 20:33:31
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xiaodaolai

银虫 (小有名气)
恩恩，这个我知道，我是想问选择好了活性分子后，如何用活性分子去找到非活性分子，从而构成Decoy数据库，我想问具体方法，谢谢！
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如果时光倒流，我们又能抓的住什么
3楼2013-10-16 11:04:36
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xiaodaolai

银虫 (小有名气)
哪位大神帮帮忙啊，真的很急啊啊啊啊啊
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如果时光倒流，我们又能抓的住什么
4楼2013-10-24 11:06:31
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xiaodaolai

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iovvoi at 2013-10-15 20:33:31
decoy数据库就是测试集  由活性分子和非活性分子组成

大哥，能具体说说方法吗，万分感谢啊
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如果时光倒流，我们又能抓的住什么
5楼2013-10-24 11:07:08
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hinry

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

有篇参考文献，讲解了怎么构建Decoy set ：Virtual decoy sets for molecular docking benchmarks, J. Chem. Inf. Model. 51 (2011) 196-202. ；还有一个decoy 数据库，里面包含了大多已知靶点的decoy set，你可以google 一下！
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6楼2013-10-27 09:45:42
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xiaodaolai

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hinry at 2013-10-27 09:45:42
有篇参考文献，讲解了怎么构建Decoy set ：Virtual decoy sets for molecular docking benchmarks, J. Chem. Inf. Model. 51 (2011) 196-202. ；还有一个decoy 数据库，里面包含了大多已知靶点的decoy set，你可以g ...

好的，谢谢
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如果时光倒流，我们又能抓的住什么
7楼2013-10-27 15:05:34
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ygyxyz89

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiaodaolai at 2013-10-27 15:05:34
好的，谢谢...

能不能问一下，用decoy set 筛选所用的参数是什么？
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8楼2014-06-17 11:06:27
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xiaodaolai

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by ygyxyz89 at 2014-06-17 11:06:27
能不能问一下，用decoy set 筛选所用的参数是什么？...

什么参数？默认的
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如果时光倒流，我们又能抓的住什么
9楼2014-06-17 18:26:05
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