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luna跃儿弯弯

新虫 (小有名气)

[求助] BLAST的使用方法

请问利用BLAST如何进行序列比对？跪求各位高手指点一下具体的方法~不胜感激！急急急
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1楼 2013-10-10 22:32:31
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luna跃儿弯弯

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xl_dut at 2013-10-11 15:52:59
进入以下网址：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
普通的blast在basic blast区域进行选择就行，如核苷酸-核苷酸序列比对直接选择nucleotide blast，其他的选项还有氨基酸-氨基酸序列比对（protein blast）、 ...

我现在已知A基因的序列，它的下游可能是B基因也可能是C基因，（B基因和C基因通过NCBI已经确定了 都可能存在于A的下游），我是否可以通过BLAST来对A基因进行同源性比对从而确定A的下游到底是B基因还是C基因呢？刚刚入门，多谢指导~（刚刚的金币，送给您了吗？我还不太会送。麻烦说一下~谢谢啦~）
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3楼2013-10-11 18:39:48
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xl_dut

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+6, 鼓励交流 2013-10-11 16:50:53
luna跃儿弯弯: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢~ 2013-10-11 18:34:54
进入以下网址：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
普通的blast在basic blast区域进行选择就行，如核苷酸-核苷酸序列比对直接选择nucleotide blast，其他的选项还有氨基酸-氨基酸序列比对（protein blast）、翻译核苷酸序列-蛋白序列比对（blastx）等，你可以根据自己的需要进行选择。
单击后进入新的界面，在enter query sequence的对话框中输入你要比对的序列或序列的NCBI登陆号或genebank的登录号，如果是下载下来的.fasta格式的文件也可以在upload file处点击浏览，然后在电脑中找到相应的文件存储位置，选择“打开”就行。
下面有一些比对的参数设置，除有特殊要求外可以不做改动。但对于数据库的选择可能会影响比对结果的数目。此外“Algorithm parameters ”下拉菜单也可以打开并可以进行一些比对参数的设置，也可以视 需要进行更改。
所有参数设置好后，点击“BLAST”按钮即可，稍等一会，网页上就会出现比对结果。楼主可以根据需要进行选择。如果楼主想对若干个已知的序列进行比对，也可以将序列下载下来，用单机版的比对软件进行比对。
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一日之计在于昨天！
2楼2013-10-11 15:52:59
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luna跃儿弯弯

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xl_dut at 2013-10-11 15:52:59
进入以下网址：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
普通的blast在basic blast区域进行选择就行，如核苷酸-核苷酸序列比对直接选择nucleotide blast，其他的选项还有氨基酸-氨基酸序列比对（protein blast）、 ...

我现在已知A基因的序列，它的下游可能是B基因也可能是C基因，（B基因和C基因通过NCBI已经确定了 都可能存在于A的下游），我是否可以通过BLAST来对A基因进行同源性比对从而确定A的下游到底是B基因还是C基因呢？刚刚入门，多谢指导~（刚刚的金币，送给您了吗？我还不太会送。麻烦说一下~谢谢啦~）
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4楼2013-10-11 18:45:13
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xl_dut

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by luna跃儿弯弯 at 2013-10-11 18:39:48
我现在已知A基因的序列，它的下游可能是B基因也可能是C基因，（B基因和C基因通过NCBI已经确定了 都可能存在于A的下游），我是否可以通过BLAST来对A基因进行同源性比对从而确定A的下游到底是B基因还是C基因呢？刚刚 ...

NCBI数据库中的数据或序列都是已知的，包括部分单基因全序列、编码序列（cds）以及一些基因组或染色体的全序列。因此你说的B基因或C基因在A基因的下游，这种情况在特定的染色体上或基因组中是确定的，当然不同物种的基因序列和排列次序可能略有差异。
单纯通过单个基因的序列比对是不能确定先后顺序的。如果你要通过比对来确定A基因后的序列到底是B还是C的话，你必须获得基因A及其下游的序列，然后再进行比对。blast会给出部分序列的比对结果，然后你就可以确定次序了。或者你也可以设计引物进行PCR验证！
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一日之计在于昨天！
5楼2013-10-11 20:58:02
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