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qiqing7777

银虫 (小有名气)

[求助] 求助解晶体的一些问题

O2W  NOT BONDED TO SUITABLE ATOM FOR AFIX **  请问这个是什么情况。我在水上自动加氢再精修就会出现这个情况~~~  还有一个游离的甲醇的O也是这种情况。一修就有上述情况不能精修
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1楼 2013-09-24 09:05:39
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qiqing7777

银虫 (小有名气)
自顶一下
2楼2013-10-12 08:41:49
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廖绪泽

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
qiqing7777: 金币+10, 10 2013-10-14 10:16:46
水和甲醇的氢原子一般不采用自动加氢，因为软件很难计算准确，所以容易报错；
解决的办法：通过化学环境找到氧原子附近合适的电子云，然后指认为氢原子，在固定一下就可以了；
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3楼2013-10-13 11:13:24
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qiqing7777

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 廖绪泽 at 2013-10-13 11:13:24
水和甲醇的氢原子一般不采用自动加氢，因为软件很难计算准确，所以容易报错；
解决的办法：通过化学环境找到氧原子附近合适的电子云，然后指认为氢原子，在固定一下就可以了；

如果电子云太多怎么判断~甲醇的C-H 0-H的键长大概是什么范围？C-H O-H键的电子云的判断也是看氢键的走向吗？
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4楼2013-10-14 10:19:32
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廖绪泽

铁杆木虫 (著名写手)
1.C-H的距离一般是0.1 nm左右；
2.O-H一般是0.095 nm左右；
3.首先要找到氢键的给体和受体，才能判断到底氢原子应该加在那个方向上，不然checkCif的时候会提示错误
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5楼2013-10-14 11:08:50
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