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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 参照菌株如何查找
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myapple1989

铁虫 (小有名气)

[求助] 参照菌株如何查找

发现一株疑似新的放线菌菌种，现在需要做DNA杂交，不知道怎样获取参照菌株，现在急用，望大神给予指导，谢谢
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1楼 2013-09-09 11:23:56
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

guofenwang

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by myapple1989 at 2013-09-11 13:30:55
那请问这个模式菌株应该在哪买呀？怎样购买呀，请详告知，谢谢！...

可以通过ACCC（中国微生物菌种资源库 菌种保藏中心）购买，他们可以负责报关手续，但是很贵平均一个菌株7000元左右
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9楼2013-09-11 17:04:13
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普通回帖

libranjie

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你是不是可以先用通用引物把16S RNA测序完成，跟NCBI 进行一下blastn比对（16S RNA库）得到最相近的物种，然后来借以确定物种信息。之后做不做杂交完全是选择而已的事了。
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2楼2013-09-09 12:25:38
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myapple1989

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by libranjie at 2013-09-09 12:25:38
你是不是可以先用通用引物把16S RNA测序完成，跟NCBI 进行一下blastn比对（16S RNA库）得到最相近的物种，然后来借以确定物种信息。之后做不做杂交完全是选择而已的事了。

16s rRNA测序已经完成，，也比对了，相似度比较低，新种的可能性极高，建系统进化树后，找到了亲缘关系最近的参照菌株，需要做生理生化实验，可是这个参照菌株应该怎么获得呢
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3楼2013-09-09 15:37:00
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libranjie

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by myapple1989 at 2013-09-09 15:37:00
16s rRNA测序已经完成，，也比对了，相似度比较低，新种的可能性极高，建系统进化树后，找到了亲缘关系最近的参照菌株，需要做生理生化实验，可是这个参照菌株应该怎么获得呢...

相似度比较低是首要问题。

1、16S序列PCR质量如何？
2、16S序列的测序质量又如何？
3、比对质量如何？但愿你没有比错数据库，细菌16S，NCBI有的。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6335505&authorid=2535241 有介绍的比较详细。

如果所有以上均没有问题，那才应该走到下一步找亲缘的参照菌株做生理生化实验。
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4楼2013-09-09 17:08:41
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myapple1989

铁虫 (小有名气)
以上均没有问题，也做ta克隆了，就是不知道参照菌株怎么获得
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5楼2013-09-09 18:07:48
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guofenwang

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
若是必须要参考菌株的话，通过google查到相关属种的模式菌，这样就要动用大量关系或者直接向国外的各大菌株库购买各模式菌株，比较耗财力和精力的过程。
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6楼2013-09-11 11:41:51
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myapple1989

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by guofenwang at 2013-09-11 11:41:51
若是必须要参考菌株的话，通过google查到相关属种的模式菌，这样就要动用大量关系或者直接向国外的各大菌株库购买各模式菌株，比较耗财力和精力的过程。

那请问这个模式菌株应该在哪买呀？怎样购买呀，请详告知，谢谢！
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7楼2013-09-11 13:30:55
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802311820

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myapple1989: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-09-11 18:26:17
模式菌株的编号前面会有相应保藏中心的缩写，常见的国外的菌种保藏机构有以下几个：
美国典型微生物菌种保藏中心（ATCC）
美国农业研究菌种保藏中心（NRRL）
德国微生物菌种保藏中心（DSMZ）
荷兰微生物菌种保藏中心（CBS）
英国微生物菌种保藏中心（NCTC）
日本技术评价研究所生物资源中心（NBRC）

原则上讲，从国外（如ATCC）引进新菌株，需要通过国家机构。
其实直接购买即可，就是进关报关比较麻烦。
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8楼2013-09-11 16:39:36
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myapple1989

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 802311820 at 2013-09-11 16:39:36
模式菌株的编号前面会有相应保藏中心的缩写，常见的国外的菌种保藏机构有以下几个：
美国典型微生物菌种保藏中心（ATCC）
美国农业研究菌种保藏中心（NRRL）
德国微生物菌种保藏中心（DSMZ）
荷兰微生物菌种保藏 ...

那是直接在他们的网站里找呢还是通过其他的途径，找到之后怎么和他们联系来获得 我所需要的菌
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10楼2013-09-11 18:29:26
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