24小时热门版块排行榜    

查看: 2306  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

myapple1989

铁虫 (小有名气)

[求助] 参照菌株如何查找

发现一株疑似新的放线菌菌种,现在需要做DNA杂交,不知道怎样获取参照菌株,现在急用,望大神给予指导,谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

libranjie

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by myapple1989 at 2013-09-09 15:37:00
16s rRNA测序已经完成,,也比对了,相似度比较低,新种的可能性极高,建系统进化树后,找到了亲缘关系最近的参照菌株,需要做生理生化实验,可是这个参照菌株应该怎么获得呢...

相似度比较低是首要问题。

1、16S序列PCR质量如何?
2、16S序列的测序质量又如何?
3、比对质量如何?但愿你没有比错数据库,细菌16S,NCBI有的。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6335505&authorid=2535241 有介绍的比较详细。

如果所有以上均没有问题,那才应该走到下一步找亲缘的参照菌株做生理生化实验。
4楼2013-09-09 17:08:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

libranjie

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你是不是可以先用通用引物把16S RNA测序完成,跟NCBI 进行一下blastn比对(16S RNA库)得到最相近的物种,然后来借以确定物种信息。之后做不做杂交完全是选择而已的事了。
2楼2013-09-09 12:25:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myapple1989

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by libranjie at 2013-09-09 12:25:38
你是不是可以先用通用引物把16S RNA测序完成,跟NCBI 进行一下blastn比对(16S RNA库)得到最相近的物种,然后来借以确定物种信息。之后做不做杂交完全是选择而已的事了。

16s rRNA测序已经完成,,也比对了,相似度比较低,新种的可能性极高,建系统进化树后,找到了亲缘关系最近的参照菌株,需要做生理生化实验,可是这个参照菌株应该怎么获得呢
3楼2013-09-09 15:37:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myapple1989

铁虫 (小有名气)

以上均没有问题,也做ta克隆了,就是不知道参照菌株怎么获得
5楼2013-09-09 18:07:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学297求调剂 +3 Daisy☆ 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:45 by ColorlessPI
[考研] 材料学硕301分求调剂 +6 Liyouyumairs 2026-03-21 6/300 2026-03-21 17:42 by JourneyLucky
[考研] 307求调剂 +3 余意卿 2026-03-18 3/150 2026-03-21 17:31 by ColorlessPI
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +6 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-21 17:21 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 .m.. 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:25 by barlinike
[基金申请] 学校已经提交到NSFC,还能修改吗? 40+4 babangida 2026-03-19 9/450 2026-03-21 16:12 by babangida
[考研] 求调剂 +3 白QF 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:12 by zhukairuo
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +4 llllkkkhh 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:24 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +5 冬十三 2026-03-18 5/250 2026-03-21 00:16 by JourneyLucky
[考研] 317求调剂 +5 申子申申 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:26 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +7 ^O^乜 2026-03-19 7/350 2026-03-20 21:43 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南理工085701环境302求调剂院校 +3 葵梓卫队 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:28 by zhukairuo
[考博] 招收博士1-2人 +3 QGZDSYS 2026-03-18 3/150 2026-03-20 11:58 by 呱呱呱呱叫
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂(0854都可以) +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
[考研] 求调剂 +3 暗涌afhb 2026-03-16 3/150 2026-03-20 00:28 by 河南大学校友
[考研] 311求调剂 +6 26研0 2026-03-15 6/300 2026-03-18 14:43 by haxia
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 一志愿,福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
信息提示
请填处理意见