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myapple1989

铁虫 (小有名气)

[求助] 参照菌株如何查找

发现一株疑似新的放线菌菌种,现在需要做DNA杂交,不知道怎样获取参照菌株,现在急用,望大神给予指导,谢谢
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myapple1989

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by libranjie at 2013-09-09 12:25:38
你是不是可以先用通用引物把16S RNA测序完成,跟NCBI 进行一下blastn比对(16S RNA库)得到最相近的物种,然后来借以确定物种信息。之后做不做杂交完全是选择而已的事了。

16s rRNA测序已经完成,,也比对了,相似度比较低,新种的可能性极高,建系统进化树后,找到了亲缘关系最近的参照菌株,需要做生理生化实验,可是这个参照菌株应该怎么获得呢
3楼2013-09-09 15:37:00
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libranjie

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你是不是可以先用通用引物把16S RNA测序完成,跟NCBI 进行一下blastn比对(16S RNA库)得到最相近的物种,然后来借以确定物种信息。之后做不做杂交完全是选择而已的事了。
2楼2013-09-09 12:25:38
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libranjie

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by myapple1989 at 2013-09-09 15:37:00
16s rRNA测序已经完成,,也比对了,相似度比较低,新种的可能性极高,建系统进化树后,找到了亲缘关系最近的参照菌株,需要做生理生化实验,可是这个参照菌株应该怎么获得呢...

相似度比较低是首要问题。

1、16S序列PCR质量如何?
2、16S序列的测序质量又如何?
3、比对质量如何?但愿你没有比错数据库,细菌16S,NCBI有的。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6335505&authorid=2535241 有介绍的比较详细。

如果所有以上均没有问题,那才应该走到下一步找亲缘的参照菌株做生理生化实验。
4楼2013-09-09 17:08:41
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myapple1989

铁虫 (小有名气)

以上均没有问题,也做ta克隆了,就是不知道参照菌株怎么获得
5楼2013-09-09 18:07:48
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