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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 参照菌株如何查找
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myapple1989

铁虫 (小有名气)

[求助] 参照菌株如何查找

发现一株疑似新的放线菌菌种，现在需要做DNA杂交，不知道怎样获取参照菌株，现在急用，望大神给予指导，谢谢
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1楼 2013-09-09 11:23:56
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myapple1989

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by libranjie at 2013-09-09 12:25:38
你是不是可以先用通用引物把16S RNA测序完成，跟NCBI 进行一下blastn比对（16S RNA库）得到最相近的物种，然后来借以确定物种信息。之后做不做杂交完全是选择而已的事了。

16s rRNA测序已经完成，，也比对了，相似度比较低，新种的可能性极高，建系统进化树后，找到了亲缘关系最近的参照菌株，需要做生理生化实验，可是这个参照菌株应该怎么获得呢
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3楼2013-09-09 15:37:00
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libranjie

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你是不是可以先用通用引物把16S RNA测序完成，跟NCBI 进行一下blastn比对（16S RNA库）得到最相近的物种，然后来借以确定物种信息。之后做不做杂交完全是选择而已的事了。
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2楼2013-09-09 12:25:38
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libranjie

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by myapple1989 at 2013-09-09 15:37:00
16s rRNA测序已经完成，，也比对了，相似度比较低，新种的可能性极高，建系统进化树后，找到了亲缘关系最近的参照菌株，需要做生理生化实验，可是这个参照菌株应该怎么获得呢...

相似度比较低是首要问题。

1、16S序列PCR质量如何？
2、16S序列的测序质量又如何？
3、比对质量如何？但愿你没有比错数据库，细菌16S，NCBI有的。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6335505&authorid=2535241 有介绍的比较详细。

如果所有以上均没有问题，那才应该走到下一步找亲缘的参照菌株做生理生化实验。
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4楼2013-09-09 17:08:41
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myapple1989

铁虫 (小有名气)
以上均没有问题，也做ta克隆了，就是不知道参照菌株怎么获得
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5楼2013-09-09 18:07:48
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