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myapple1989

铁虫 (小有名气)

[求助] 参照菌株如何查找

发现一株疑似新的放线菌菌种,现在需要做DNA杂交,不知道怎样获取参照菌株,现在急用,望大神给予指导,谢谢
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guofenwang

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
若是必须要参考菌株的话,通过google查到相关属种的模式菌,这样就要动用大量关系或者直接向国外的各大菌株库购买各模式菌株,比较耗财力和精力的过程。
6楼2013-09-11 11:41:51
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libranjie

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你是不是可以先用通用引物把16S RNA测序完成,跟NCBI 进行一下blastn比对(16S RNA库)得到最相近的物种,然后来借以确定物种信息。之后做不做杂交完全是选择而已的事了。
2楼2013-09-09 12:25:38
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myapple1989

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by libranjie at 2013-09-09 12:25:38
你是不是可以先用通用引物把16S RNA测序完成,跟NCBI 进行一下blastn比对(16S RNA库)得到最相近的物种,然后来借以确定物种信息。之后做不做杂交完全是选择而已的事了。

16s rRNA测序已经完成,,也比对了,相似度比较低,新种的可能性极高,建系统进化树后,找到了亲缘关系最近的参照菌株,需要做生理生化实验,可是这个参照菌株应该怎么获得呢
3楼2013-09-09 15:37:00
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libranjie

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by myapple1989 at 2013-09-09 15:37:00
16s rRNA测序已经完成,,也比对了,相似度比较低,新种的可能性极高,建系统进化树后,找到了亲缘关系最近的参照菌株,需要做生理生化实验,可是这个参照菌株应该怎么获得呢...

相似度比较低是首要问题。

1、16S序列PCR质量如何?
2、16S序列的测序质量又如何?
3、比对质量如何?但愿你没有比错数据库,细菌16S,NCBI有的。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6335505&authorid=2535241 有介绍的比较详细。

如果所有以上均没有问题,那才应该走到下一步找亲缘的参照菌株做生理生化实验。
4楼2013-09-09 17:08:41
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