应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 自由能求解
51/1返回列表
查看: 1888  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

youngfi

木虫 (小有名气)

[求助] 自由能求解

第一次用gromacs计算自由能。在计算水分子蒸发的自由能时，我使用的是已经优化的好的结构，为什么系统还是提示：1 particles communicated to PME node 16 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y. This usually means that your system is not well equilibrated. 请问有没有谁做过自由能求解的，这是什么情况啊？能否给点有用的建议，感激ing。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
1楼 2013-08-28 23:33:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youngfi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 赵红霞 at 2016-01-14 23:03:56
在入门阶段，我先计算一条polymer在水溶液中的构象，遇到了这个问题。您说的分别优化是指先分别优化polymer和溶剂盒子，再把优化好的两者组合起来吗？怎么组合能说具体点吗？用什么命令？
...

先用editconf制作一个盒子然后再使用genbox这个命令可以将你的polymer与水组合在一起。你的这种情况在Gromacs tutorial的第一个例子中就有，你在网上搜一下这个Gromacs tutorial，是一个老外总结的。个人觉得他的太方向对于从更大角度去理解gromacs不是很好，但是其中的一些命令的使用对初学者还是有帮助的。
赞一下 回复此楼
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
7楼2016-01-15 08:41:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
youngfi: 金币+8, ★有帮助 2013-08-29 11:34:28
跑个平衡试试。你说你优化好了，以什么标准？
赞一下 回复此楼
2楼2013-08-29 08:41:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youngfi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-08-29 08:41:16
跑个平衡试试。你说你优化好了，以什么标准？

我之前做过能量最小化跟NVT和NPT，得到构型之后再做的自由能计算。做自由能还需要重新再做平衡？
赞一下 回复此楼
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
3楼2013-08-29 11:34:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
遇到同样的问题，请问楼主解决了么？
Fatal error:
2 particles communicated to PME node 1 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated.
赞一下 回复此楼
4楼2016-01-14 10:10:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 11:49 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:40 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 11:18 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +14 晴天加油 2026-08-26 15/750 2026-08-29 11:06 by biily
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 9/450 2026-08-29 09:59 by jklily
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 09:26 by G6APbkg8SA6w
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +8 苏东坡二世 2026-08-23 8/400 2026-08-28 14:41 by lkforward
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭