| 查看: 1691 | 回复: 6 | ||
youngfi木虫 (小有名气)
|
[求助]
自由能求解
|
| 第一次用gromacs计算自由能。在计算水分子蒸发的自由能时，我使用的是已经优化的好的结构，为什么系统还是提示：1 particles communicated to PME node 16 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y. This usually means that your system is not well equilibrated. 请问有没有谁做过自由能求解的，这是什么情况啊？能否给点有用的建议，感激ing。 |
回复此楼» 猜你喜欢
计算机、0854电子信息（085401-058412）调剂
已经有5人回复
-
国自然申请面上模板最新2026版出了吗？
已经有13人回复
-
基金委咋了？2026年的指南还没有出来？
已经有3人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有5人回复
-
溴的反应液脱色
已经有7人回复
-
推荐一本书
已经有12人回复
-
基金申报
已经有4人回复
-
纳米粒子粒径的测量
已经有7人回复
-
常年博士招收(双一流，工科)
已经有4人回复
-
有没有人能给点建议
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
sciencejoy
新虫 (著名写手)
- 应助: 436 (硕士)
- 金币: 11204.5
- 红花: 89
- 帖子: 2974
- 在线: 498小时
- 虫号: 802149
- 注册: 2009-07-02
- 性别: GG
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
2楼2013-08-29 08:41:16
youngfi
木虫 (小有名气)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 2419.9
- 散金: 15
- 红花: 1
- 帖子: 144
- 在线: 100.9小时
- 虫号: 1850824
- 注册: 2012-06-07
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
3楼2013-08-29 11:34:17
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 6211.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1540
- 在线: 699.5小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
4楼2016-01-14 10:10:05
youngfi
木虫 (小有名气)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 2419.9
- 散金: 15
- 红花: 1
- 帖子: 144
- 在线: 100.9小时
- 虫号: 1850824
- 注册: 2012-06-07
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
5楼2016-01-14 22:54:52
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 6211.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1540
- 在线: 699.5小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
|
在入门阶段，我先计算一条polymer在水溶液中的构象，遇到了这个问题。您说的分别优化是指先分别优化polymer和溶剂盒子，再把优化好的两者组合起来吗？怎么组合能说具体点吗？用什么命令？ 发自小木虫Android客户端 |
6楼2016-01-14 23:03:56
youngfi
木虫 (小有名气)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 2419.9
- 散金: 15
- 红花: 1
- 帖子: 144
- 在线: 100.9小时
- 虫号: 1850824
- 注册: 2012-06-07
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
7楼2016-01-15 08:41:18