24小时热门版块排行榜    

查看: 1887  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

youngfi

木虫 (小有名气)

[求助] 自由能求解

第一次用gromacs计算自由能。在计算水分子蒸发的自由能时,我使用的是已经优化的好的结构,为什么系统还是提示:1 particles communicated to PME node 16 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y. This usually means that your system is not well equilibrated. 请问有没有谁做过自由能求解的,这是什么情况啊?能否给点有用的建议,感激ing。
回复此楼
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

遇到同样的问题,请问楼主解决了么?
Fatal error:
2 particles communicated to PME node 1 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated.
4楼2016-01-14 10:10:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
youngfi: 金币+8, 有帮助 2013-08-29 11:34:28
跑个平衡试试。你说你优化好了,以什么标准?
2楼2013-08-29 08:41:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youngfi

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-08-29 08:41:16
跑个平衡试试。你说你优化好了,以什么标准?

我之前做过能量最小化跟NVT和NPT,得到构型之后再做的自由能计算。做自由能还需要重新再做平衡?
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
3楼2013-08-29 11:34:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youngfi

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 赵红霞 at 2016-01-14 10:10:05
遇到同样的问题,请问楼主解决了么?
Fatal error:
2 particles communicated to PME node 1 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x. ...

由于我不知道你计算的具体体系。你这样啊,先把体系中用到的所有组分都进行能量最小化,之后再把各个组分结合起来进行总的能量最小化。
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
5楼2016-01-14 22:54:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:51 by jCd0dEvKHShX
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 11:49 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:29 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +14 晴天加油 2026-08-26 15/750 2026-08-29 11:06 by biily
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[博后之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 05:45 by gy1nBQXYQJqL
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了!? +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
信息提示
请填处理意见