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youngfi木虫 (小有名气)
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自由能求解
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| 第一次用gromacs计算自由能。在计算水分子蒸发的自由能时，我使用的是已经优化的好的结构，为什么系统还是提示：1 particles communicated to PME node 16 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y. This usually means that your system is not well equilibrated. 请问有没有谁做过自由能求解的，这是什么情况啊？能否给点有用的建议，感激ing。 |
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导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
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麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
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2楼2013-08-29 08:41:16
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在入门阶段，我先计算一条polymer在水溶液中的构象，遇到了这个问题。您说的分别优化是指先分别优化polymer和溶剂盒子，再把优化好的两者组合起来吗？怎么组合能说具体点吗？用什么命令？ 发自小木虫Android客户端 |
6楼2016-01-14 23:03:56
youngfi
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