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youngfi

木虫 (小有名气)

[求助] 自由能求解

第一次用gromacs计算自由能。在计算水分子蒸发的自由能时，我使用的是已经优化的好的结构，为什么系统还是提示：1 particles communicated to PME node 16 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y. This usually means that your system is not well equilibrated. 请问有没有谁做过自由能求解的，这是什么情况啊？能否给点有用的建议，感激ing。
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事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
1楼 2013-08-28 23:33:26
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
youngfi: 金币+8, ★有帮助 2013-08-29 11:34:28
跑个平衡试试。你说你优化好了，以什么标准？
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2楼2013-08-29 08:41:16
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youngfi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-08-29 08:41:16
跑个平衡试试。你说你优化好了，以什么标准？

我之前做过能量最小化跟NVT和NPT，得到构型之后再做的自由能计算。做自由能还需要重新再做平衡？
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事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
3楼2013-08-29 11:34:17
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
遇到同样的问题，请问楼主解决了么？
Fatal error:
2 particles communicated to PME node 1 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated.
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4楼2016-01-14 10:10:05
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youngfi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 赵红霞 at 2016-01-14 10:10:05
遇到同样的问题，请问楼主解决了么？
Fatal error:
2 particles communicated to PME node 1 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x. ...

由于我不知道你计算的具体体系。你这样啊，先把体系中用到的所有组分都进行能量最小化，之后再把各个组分结合起来进行总的能量最小化。
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事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
5楼2016-01-14 22:54:52
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by youngfi at 2016-01-14 22:54:52
由于我不知道你计算的具体体系。你这样啊，先把体系中用到的所有组分都进行能量最小化，之后再把各个组分结合起来进行总的能量最小化。...

在入门阶段，我先计算一条polymer在水溶液中的构象，遇到了这个问题。您说的分别优化是指先分别优化polymer和溶剂盒子，再把优化好的两者组合起来吗？怎么组合能说具体点吗？用什么命令？

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6楼2016-01-14 23:03:56
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youngfi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 赵红霞 at 2016-01-14 23:03:56
在入门阶段，我先计算一条polymer在水溶液中的构象，遇到了这个问题。您说的分别优化是指先分别优化polymer和溶剂盒子，再把优化好的两者组合起来吗？怎么组合能说具体点吗？用什么命令？
...

先用editconf制作一个盒子然后再使用genbox这个命令可以将你的polymer与水组合在一起。你的这种情况在Gromacs tutorial的第一个例子中就有，你在网上搜一下这个Gromacs tutorial，是一个老外总结的。个人觉得他的太方向对于从更大角度去理解gromacs不是很好，但是其中的一些命令的使用对初学者还是有帮助的。
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事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
7楼2016-01-15 08:41:18
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