| 查看: 1910 | 回复: 6 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
关于用R做基因芯片处理问题！急！
|
||
|
各位大侠： 近日一直苦于一组数据，一组单通道的Affay的，但不是原始基因数据文件，是经过处理保存在excel文档里。大概有八九个样本，每个样本2-3个重复，数据显示的是信号强度值，已经做了log处理，现在要进行基因差异性比较。现在这边的老板让我用R的limma做，但是看里面的limma包好像不是处理这种强度值的，是读取原始文件啥的，想用SAM做吧，又不知道在R里面如何下手。用MEV软件做吧，这边老板反对用软件，那边大老板等着要结果呢，唉，急死了。大家有什么好办法，在R里面到底对于这样已经预处理过的数据应该怎么办啊？   QQ截图20130821101159.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
262求调剂
已经有5人回复
-
0856调剂
已经有6人回复
-
张芳铭-中国农业大学-环境工程专硕-298
已经有6人回复
-
考研生物与医药调剂
已经有3人回复
-
274求调剂
已经有5人回复
-
化学工程085602 305分求调剂
已经有26人回复
-
334求调剂
已经有3人回复
-
一志愿 南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕
已经有5人回复
-
看看我！301求调剂 081700
已经有3人回复
-
求调剂 生物学 377分
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 妇科患者静脉血做基因芯片筛查
已经有10人回复
- 基因芯片需要做重复吗？
已经有11人回复
- 下载芯片数据后，如何制作自己所需基因的表达谱？
已经有4人回复
- 基因芯片表达谱分析领域会过时淘汰吗？
已经有11人回复
- 2011NSFC申请时写的用基因芯片，现在准备改成转录组测序，不知这样调整行不行？
已经有6人回复
- SAM 芯片分析问题
已经有6人回复
- 请问一下关于芯片分析中差异基因的问题。。。
已经有7人回复
- 为什么说SNPs是二等位基因系统，而RFLP和SSR是多等位基因系统？
已经有3人回复
- 国内哪家公司做基因芯片转录组学研究服务比较好
已经有20人回复
- 求蛋白质相互作用研究方法...
已经有12人回复
- 基因芯片数据生物学分析结果，大家帮我看看：
已经有4人回复
- 【求助/交流】基因芯片哪个公司做得好？多少钱一张？
已经有19人回复
- 【分享】看看我做的这个新型PCR增强剂效果怎么样
已经有24人回复
- 【求助/交流】有谁知道南京地区哪些老师或者实验室做基因芯片的啊
已经有6人回复
- 【求助】实验数据分析问题
已经有6人回复
5楼2013-08-28 15:29:07
2楼2013-08-23 09:27:02
3楼2013-08-26 10:35:11
【答案】应助回帖
★ ★
twx6616: 金币+2, ★有帮助, 我来摸索下 多谢啊 2013-08-28 14:41:38
twx6616: 金币+2, ★有帮助, 我来摸索下 多谢啊 2013-08-28 14:41:38
|
limma是可以处理成熟数据的，这是limma里limFit函数的说明文档的一部分： # # Simulate gene expression data for 100 probes and 6 microarrays # Microarray are in two groups # First two probes are differentially expressed in second group # Std deviations vary between genes with prior df=4 sd <- 0.3*sqrt(4/rchisq(100,df=4)) y <- matrix(rnorm(100*6,sd=sd),100,6) rownames(y) <- paste("Gene",1:100) y[1:2,4:6] <- y[1:2,4:6] + 2 design <- cbind(Grp1=1,Grp2vs1=c(0,0,0,1,1,1)) options(digits=3) # Ordinary fit fit <- lmFit(y,design) fit <- eBayes(fit) topTable(fit,coef=2) # 按照你的数据，仿照这个写个code就可以了。 |
4楼2013-08-27 09:45:20
