24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 2390  |  回复: 15
本帖产生 1 个 BioEPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

我要学perl么

新虫 (初入文坛)

[求助] 【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置(exon、intron)的GC含量

如题:
如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置(exon、intron)的GC含量,如下图



是要从网上下染色体的全部序列信息然后再自己计算吗?
【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置(exon、intron)的GC含量
图片1.png



[ Last edited by 我要学perl么 on 2013-8-14 at 22:30 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

引用回帖:
12楼: Originally posted by 我要学perl么 at 2013-08-21 12:04:44
It's me. And I find you, too....


那些开发者专业多了,至少回答了不少
13楼2013-08-22 04:13:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
silicare: 金币+2, 辛苦了 2013-08-21 17:51:30
自己计算是最方便最自由的
如果是人等的注释很好的基因组,可以考虑用galaxy
2楼2013-08-15 08:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我要学perl么

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-08-15 08:08:24
自己计算是最方便最自由的
如果是人等的注释很好的基因组,可以考虑用galaxy

我做的 是猪的。
galaxy可以用吗?
如果要自己计算的话是要下载全基因组序列,然后自己写perl代码?

另外有个小问题:就是计算GC含量的时候假如遇到这样的情况,ACGN,GC含量算50%吗?
3楼2013-08-15 08:42:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
我要学perl么: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-16 16:55:05
silicare: 金币+5, BioEPI+1 2013-08-21 17:51:44
引用回帖:
3楼: Originally posted by 我要学perl么 at 2013-08-15 08:42:36
我做的 是猪的。
galaxy可以用吗?
如果要自己计算的话是要下载全基因组序列,然后自己写perl代码?

另外有个小问题:就是计算GC含量的时候假如遇到这样的情况,ACGN,GC含量算50%吗?...

I think so
Go to website https://main.g2.bx.psu.edu/
click "get data" in the left panel, choose UCSC main
Select pig in the genome
Search for geecee to calculate gc content

If you are not sure, read the tutorials, particularly this one https://main.g2.bx.psu.edu/u/aun1/p/galaxy101
4楼2013-08-15 17:33:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0854调剂 +10 长弓傲 2026-04-12 13/650 2026-04-13 17:32 by 长弓傲
[考研] 考研求调剂 +10 子木呐 2026-04-12 10/500 2026-04-13 17:28 by wulijun2012
[考研] 一志愿2110,化学学硕310分,本科重点双非求调剂 +20 努力奋斗112 2026-04-08 20/1000 2026-04-13 14:24 by 张zhihao
[考研] 一志愿中南大学 0855 机械 286 求调剂 +10 不会吃肉 2026-04-12 10/500 2026-04-12 22:51 by 零零二
[考研] 一志愿厦大0856,306求调剂 +15 Bblinging 2026-04-11 15/750 2026-04-11 22:53 by 314126402
[考研] 材料工程日语考生求调剂 +7 0856?调剂 2026-04-10 7/350 2026-04-11 21:33 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂 +10 璃茉一定上岸 2026-04-10 10/500 2026-04-11 13:31 by 1005715100
[考研] 087100初试311求调剂 +4 任雅琴 2026-04-09 4/200 2026-04-11 10:33 by zhq0425
[考研] 一志愿211,化学学硕,310分,本科重点双非,求调剂 +17 努力奋斗112 2026-04-06 20/1000 2026-04-11 00:31 by wangjihu
[考研] 材料与化工调剂 +12 否极泰来2026 2026-04-10 13/650 2026-04-11 00:28 by wangjihu
[考研] 计算机类求调剂,22408-274分 +7 上岸de小虫 2026-04-09 8/400 2026-04-10 19:56 by fxue1114
[考研] 284求调剂 +9 让我上岸吧阿西 2026-04-09 11/550 2026-04-10 19:18 by 靖jing
[论文投稿] mdpi小修rvr时间四五天了 20+3 哈哈high 2026-04-08 5/250 2026-04-10 16:02 by 北京莱茵润色
[考研] 一志愿西南大学生物学学硕344 求生物学相关调剂/生物与医药 +7 超人不会飞@ 2026-04-08 7/350 2026-04-09 09:35 by gong120082
[考研] 286求调剂 +19 Faune 2026-04-08 20/1000 2026-04-09 08:36 by 哦哦123
[考研] 327求调剂 +10 Xxjc1107. 2026-04-06 11/550 2026-04-09 01:21 by lature00
[考研] 331求调剂 +5 luoxin0706. 2026-04-08 5/250 2026-04-08 22:15 by zhouyuwinner
[考研] 263分B区求调剂 +6 李nihao 2026-04-08 6/300 2026-04-08 09:38 by 南开小綦
[考研] 11408 325分 +3 jgtxuxgkx 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:10 by lbsjt
[考研] 一志愿西南090202求调剂 +4 在线求有学上 2026-04-07 4/200 2026-04-07 19:47 by biomichael
信息提示
请填处理意见