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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 帮看看这个primer dimer会不会有对荧光qPCR有太大影响。
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Jianxiao_H

金虫 (正式写手)

[求助] 帮看看这个primer dimer会不会有对荧光qPCR有太大影响。

实在是找不到合适的引物对了，只有看看这个有cross dimer的引物对（二聚体配对碱基数达到了5个）行不行了。
打算利用dimer tm值与产物tm值得差，来排除二聚体对荧光的影响。
但是，我不知道这个dimer的tm值是多少，我的产物tm值有85左右。
帮看看这个primer dimer会不会有对荧光qPCR有太大影响。
SXT(62FS9`9ZIX[OY8VV[@L.jpg
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多少辛酸不可告人。
1楼 2013-08-05 19:44:15
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
二聚体还好，基本不会产生太大的影响

你的上下游GC含量相差有点大，建议进一步优化一下
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2013-08-05 20:54:57
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Jianxiao_H

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2013-08-05 20:54:57
二聚体还好，基本不会产生太大的影响

你的上下游GC含量相差有点大，建议进一步优化一下

是的，我看了看上下游相差了百分之八，谢谢你的提醒。
但是我不知道两个引物见得gc值相差最多应该控制在百分之几的范围。
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多少辛酸不可告人。
3楼2013-08-05 21:27:05
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gyesang

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【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by Jianxiao_H at 2013-08-05 21:27:05
是的，我看了看上下游相差了百分之八，谢谢你的提醒。
但是我不知道两个引物见得gc值相差最多应该控制在百分之几的范围。...

GC含量一般在40%-60%，上下游引物的GC含量最好一致
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
4楼2013-08-05 21:36:47
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yb19841014

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-08-06 09:44:54
配对的位置在中间，应该还好。建议同时订两对引物。
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5楼2013-08-06 06:52:25
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Jianxiao_H

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yb19841014 at 2013-08-06 06:52:25
配对的位置在中间，应该还好。建议同时订两对引物。

诶，对啊。我怎么就没想到顶两对儿引物呢。。
谢谢哈！！
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多少辛酸不可告人。
6楼2013-08-06 08:17:28
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duoyidian

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这种引物设计应该没问题，毕竟pcr出来的结果的数量是非常大的，想要的目的片段的数目很大，引物设计就是有舍有得。有事不能兼顾的，这时候就有取舍了，不过基本上没问题
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7楼2013-08-06 13:52:22
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Jianxiao_H

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by duoyidian at 2013-08-06 13:52:22
这种引物设计应该没问题，毕竟pcr出来的结果的数量是非常大的，想要的目的片段的数目很大，引物设计就是有舍有得。有事不能兼顾的，这时候就有取舍了，不过基本上没问题

我很赞同你的看法，我找了几天的引物了，觉得最好也只能这样了。谢谢。
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多少辛酸不可告人。
8楼2013-08-06 16:10:40
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