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huangshuang1木虫 (著名写手)
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时间步长1fs
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审稿人意见： 不能武断地说模拟时间步长1.0 fs。在分子动力学模拟中，时间尺度是根据描述van der Waals相互作用的Lennard-Jones势中的参数来决定的，在模拟中, 选其中一个原子的质量m和直径分\sigma别作为质量尺度和长度的尺度，取某一对原子的相互作用\epsilon为能量尺度，这样就确定了在模拟中的时间尺度为t=(m\sigma^2/\epsilon)^(1/2),根据这些具体的参数值来计算时间尺度。参见书41页: Daan Frenkel & Berend Smit, Understanding Molecular Simulation : From Algorithms to Applications, 第二版。 请问，这怎么计算出准确的时间步长？？有谁有具体的计算过程吗？ |
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审稿人说的那本书在这里下载 http://ishare.iask.sina.com.cn/f/16968127.html 这本书41页讲的是简化单位的问题，完全不是什么时间尺度 而且积分步长本来就是人为指定的，一般在溶液中视情况定位2fs或1fs，在真空中定为0.5fs，当然具体的原因可以看陈正隆的那本书，不过没有哪篇论文会去讲积分步长是怎么选择的。。。 怀疑审稿人不是专业做分子模拟的，随便提了个问题敷衍了事，你可以和你导师商量下怎么弄 |
3楼2013-08-07 23:27:14
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