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1058744774

新虫 (初入文坛)

[求助] 急！各位帮忙看看，PCR后跑的琼脂糖凝胶电泳图，条带不清晰原因是什么？

各位大侠好，本人刚开始做PCR,帮忙分析一下电泳条带不清晰的原因吧。
图中从左到右是同一DNA模板，不同引物，同一RCR条件的产物
出现这种情况什么原因呢？说明模板有问题？还是需要改变PCR条件，或者增加镁离子浓度？
急！各位帮忙看看，PCR后跑的琼脂糖凝胶电泳图，条带不清晰原因是什么？
DNA.jpg
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1楼2013-07-30 22:50:44
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
1058744774: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-07-31 15:13:06
引用回帖:
11楼: Originally posted by 1058744774 at 2013-07-31 11:47:58
谢谢！我用的是北京鼎国昌盛合成的引物，引物合成单上有两个Tm值,分别是Tm1和Tm5，这两个值都在35℃-20℃之间；GC%为60%。
请问我的退火温度可以设到50℃吗？...

这好像不行。可能是你设计的引物太短了，一般情况下至少要有16-20个配对碱基才能保证引物的特异性。
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12楼2013-07-31 13:07:37
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TPR有点叼

金虫 (正式写手)
★
myprayer: 金币+1, 分子生物期待你得精彩！ 2013-07-30 23:16:33
路过。听说不亮，不清晰也有没P好的原因。。。。

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2013-07-30 22:59:22
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是用gDNA为模板？引物的退火温度优化了没有？
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3楼2013-07-30 23:20:50
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rth1983

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2013-07-31 14:03:52
你是在筛选引物吗？有的时候一些引物扩出来就这个样子，需要重新设计。不过如果你能确定这个引物扩增你的样品可以获得清晰的条带，可以优化一下PCR条件。镁离子浓度啥的到不用改，体系就用你们实验室的成熟的体系。可以优化下退火温度，时间等。不过有的时候模板不好也会这样。。
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4楼2013-07-31 03:21:28
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