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...山雨

新虫 (初入文坛)

[求助] EMSA实验问题

最近在做EMSA实验,请教一个问题:做这个实验跑非变性胶时为啥不用考虑蛋白质的等电点呢,无论是酸性蛋白还是碱性蛋白都是用pH8.3的缓冲液?

[ Last edited by silicare on 2014-2-26 at 16:32 ]
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新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2013-07-24 22:28:21
只要你蛋白不沉淀就没事吧.
我理解EMSA是看的DNA或者RNA,只要DNA或者RNA结合到蛋白上,整个复合体就会带负电荷.因为DNA或者RNA的磷酸基团带有大量负电荷,蛋白的酸性碱性比起来不算什么.而且在大部分EMSA里只能看到F ...

我有一个疑问就是,不仅是ESMA跑胶过程中的buffer是碱性,在DNA与蛋白孵育的过程中的binding buffer也是碱性的,那么在蛋白和DNA结合的这个过程中,蛋白质如果是中性的或者是酸性的,那么就是带负电,那么蛋白怎么与带负电的DNA结合呢?因为我的实验中现在遇到这个问题,蛋白等电点是7.5,EMSA试验中检测不到shift条带,且存在很明显的堵孔现象。但footfrinting实验是能检测到有明确的结合位点的。
5楼2017-03-25 19:27:50
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