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schalke

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 氢键催化双分子Diels-Alder反应，应选用哪种基组和方法？

glu、tyr残基形成氢键催化双分子Diels-Alder反应，需要进行底物复合物几何优化与过渡态结构优化得到精确构型并计算反应活化能，整个体系有92个原子。请问哪种基组和方法比较合适呢？参考文献使用的是b3lyp 6-31G+(d,p)。
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1楼 2013-07-09 09:32:41
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by schalke at 2013-07-11 17:39:20
哎，一直用b3lyp，没用过ONIOM，我这就92个原子算是大体系？...

咱说的并不是你这个体系究竟有多大，可是你不是又担心精度低又担心时间长么
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11楼2013-07-12 08:16:22
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xzz1007

金虫 (小有名气)
我之前算过DA反应，但也就二十几个原子，不超过三十，使用的是b3lyp/6-311G++(d,p)优化，mp2/6-311G++(d,p)计算的能量。
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阳光总在风雨后，再坚持坚持吧.....
2楼2013-07-09 13:41:32
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燕舞飞扬
3楼2013-07-09 14:18:27
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亍寞

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
schalke: 金币+10, ★有帮助 2013-07-10 15:51:54
咱以前算过的时候用的是b3lyp 6-31G+(d) 记得当初单从结果上来看，没觉得有多大差别，嘛。。。不过如果计算条件好，不如一次到位。。。。。顺便麻烦lz说下参考文献的号？
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4楼2013-07-10 11:27:52
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schalke

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xzz1007 at 2013-07-09 13:41:32
我之前算过DA反应，但也就二十几个原子，不超过三十，使用的是b3lyp/6-311G++(d,p)优化，mp2/6-311G++(d,p)计算的能量。

谢谢，很有帮助！我最近查文献，都说b3lyp 对弱相互作用计算很烂，我这种情况需要计算氢键结合稳定过渡态，是不是用m06-2x更好一些？但不知道时间上会不会太久？

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5楼2013-07-10 15:56:13
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schalke

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 亍寞 at 2013-07-10 11:27:52
咱以前算过的时候用的是b3lyp 6-31G+(d) 记得当初单从结果上来看，没觉得有多大差别，嘛。。。不过如果计算条件好，不如一次到位。。。。。顺便麻烦lz说下参考文献的号？

因为要设计氨基酸残基，所以必须追求残基与反应过渡态的精确构型，并计算有无残基的活化能的差异。所以希望找到一种计算含氢键构型与活化能都比较好的方法。参考文献是computational design of an enzyme catalyst for a stereoselective bimolecular diels-alder reaction

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6楼2013-07-10 16:06:22
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by schalke at 2013-07-10 16:06:22
因为要设计氨基酸残基，所以必须追求残基与反应过渡态的精确构型，并计算有无残基的活化能的差异。所以希望找到一种计算含氢键构型与活化能都比较好的方法。参考文献是computational design of an enzyme catalyst ...

单纯弱相互作用的话，咱之前用的都是wb97xd，窃以为极好。。。AVTZ下可与CCSD（T）/AVDZ相比。。。可是若带有反应的话，M06那一系的感觉上是不是要好点。。。体系大的话为啥不用ONIOM。。。
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7楼2013-07-11 08:04:14
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xzz1007

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by schalke at 2013-07-10 15:56:13
谢谢，很有帮助！我最近查文献，都说b3lyp 对弱相互作用计算很烂，我这种情况需要计算氢键结合稳定过渡态，是不是用m06-2x更好一些？但不知道时间上会不会太久？
...

呵呵，这个我就不太清楚了！！！
反正，我们当时的宗旨就是，用b3lyp优化，以及寻找过渡态，
然后计算能量以及其他的一些性质的时候，再使用高级的，这要看自己计算条件！
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8楼2013-07-11 10:17:25
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schalke

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 亍寞 at 2013-07-11 08:04:14
单纯弱相互作用的话，咱之前用的都是wb97xd，窃以为极好。。。AVTZ下可与CCSD（T）/AVDZ相比。。。可是若带有反应的话，M06那一系的感觉上是不是要好点。。。体系大的话为啥不用ONIOM。。。...

哎，一直用b3lyp，没用过ONIOM，我这就92个原子算是大体系？
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9楼2013-07-11 17:39:20
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schalke

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xzz1007 at 2013-07-11 10:17:25
呵呵，这个我就不太清楚了！！！
反正，我们当时的宗旨就是，用b3lyp优化，以及寻找过渡态，
然后计算能量以及其他的一些性质的时候，再使用高级的，这要看自己计算条件！...

我现在也是这么做的，用b3lyp6-31+g(d,p)优化，找过渡态，用M06－2X计算能量
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10楼2013-07-11 17:40:31
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