24小时热门版块排行榜    

查看: 1708  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

schalke

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 氢键催化双分子Diels-Alder反应,应选用哪种基组和方法?

glu、tyr残基形成氢键催化双分子Diels-Alder反应,需要进行底物复合物几何优化与过渡态结构优化得到精确构型并计算反应活化能,整个体系有92个原子。请问哪种基组和方法比较合适呢?参考文献使用的是b3lyp 6-31G+(d,p)。
回复此楼
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

schalke

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 亍寞 at 2013-07-11 08:04:14
单纯弱相互作用的话,咱之前用的都是wb97xd,窃以为极好。。。AVTZ下可与CCSD(T)/AVDZ相比。。。可是若带有反应的话,M06那一系的感觉上是不是要好点。。。体系大的话为啥不用ONIOM。。。...

哎,一直用b3lyp,没用过ONIOM,我这就92个原子算是大体系?
9楼2013-07-11 17:39:20
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

xzz1007

金虫 (小有名气)

我之前算过DA反应,但也就二十几个原子,不超过三十,使用的是b3lyp/6-311G++(d,p)优化,mp2/6-311G++(d,p)计算的能量。
阳光总在风雨后,再坚持坚持吧.....
2楼2013-07-09 13:41:32
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

亍寞

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
schalke: 金币+10, 有帮助 2013-07-10 15:51:54
咱以前算过的时候用的是b3lyp 6-31G+(d) 记得当初单从结果上来看,没觉得有多大差别,嘛。。。不过如果计算条件好,不如一次到位。。。。。顺便麻烦lz说下参考文献的号?
4楼2013-07-10 11:27:52
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

schalke

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xzz1007 at 2013-07-09 13:41:32
我之前算过DA反应,但也就二十几个原子,不超过三十,使用的是b3lyp/6-311G++(d,p)优化,mp2/6-311G++(d,p)计算的能量。

谢谢,很有帮助!我最近查文献,都说b3lyp 对弱相互作用计算很烂,我这种情况需要计算氢键结合稳定过渡态,是不是用m06-2x更好一些?但不知道时间上会不会太久?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2013-07-10 15:56:13
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 我面上完蛋了 +10 且听虎啸 2026-08-20 11/550 2026-08-25 07:12 by echo8914667
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 8/400 2026-08-25 05:12 by BZKMTicpDhFj
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 3/150 2026-08-25 01:47 by BZKMTicpDhFj
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +7 scalable 2026-08-24 7/350 2026-08-24 23:01 by anata1209
[论文投稿] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 3/150 2026-08-24 21:59 by BZKMTicpDhFj
[基金申请] 人气不行了 +10 fansofjerry 2026-08-21 10/500 2026-08-24 21:03 by zhanghaozhu
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
请填处理意见