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schalke

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 氢键催化双分子Diels-Alder反应，应选用哪种基组和方法？

glu、tyr残基形成氢键催化双分子Diels-Alder反应，需要进行底物复合物几何优化与过渡态结构优化得到精确构型并计算反应活化能，整个体系有92个原子。请问哪种基组和方法比较合适呢？参考文献使用的是b3lyp 6-31G+(d,p)。
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1楼 2013-07-09 09:32:41
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xzz1007

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by schalke at 2013-07-10 15:56:13
谢谢，很有帮助！我最近查文献，都说b3lyp 对弱相互作用计算很烂，我这种情况需要计算氢键结合稳定过渡态，是不是用m06-2x更好一些？但不知道时间上会不会太久？
...

呵呵，这个我就不太清楚了！！！
反正，我们当时的宗旨就是，用b3lyp优化，以及寻找过渡态，
然后计算能量以及其他的一些性质的时候，再使用高级的，这要看自己计算条件！
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阳光总在风雨后，再坚持坚持吧.....
8楼2013-07-11 10:17:25
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xzz1007

金虫 (小有名气)
我之前算过DA反应，但也就二十几个原子，不超过三十，使用的是b3lyp/6-311G++(d,p)优化，mp2/6-311G++(d,p)计算的能量。
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阳光总在风雨后，再坚持坚持吧.....
2楼2013-07-09 13:41:32
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亍寞

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
schalke: 金币+10, ★有帮助 2013-07-10 15:51:54
咱以前算过的时候用的是b3lyp 6-31G+(d) 记得当初单从结果上来看，没觉得有多大差别，嘛。。。不过如果计算条件好，不如一次到位。。。。。顺便麻烦lz说下参考文献的号？
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4楼2013-07-10 11:27:52
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schalke

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xzz1007 at 2013-07-09 13:41:32
我之前算过DA反应，但也就二十几个原子，不超过三十，使用的是b3lyp/6-311G++(d,p)优化，mp2/6-311G++(d,p)计算的能量。

谢谢，很有帮助！我最近查文献，都说b3lyp 对弱相互作用计算很烂，我这种情况需要计算氢键结合稳定过渡态，是不是用m06-2x更好一些？但不知道时间上会不会太久？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2013-07-10 15:56:13
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