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怎样预测一批mirna的靶基因
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| 我把一批miRNA放到一个txt文件里，想预测miRNA的靶基因，targetscan和mirbase都只可以单个输入，求解决方案，谢谢 |
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【答案】应助回帖
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去官方网站下程序、miRNA种子序列以及多序列比对等数据可以预测。 另外有一种方法也可以预测。比如说targetscan网站，当你输入mmu-miR-148a的时候得到结果的网址如下： http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/vert_61/targetscan.cgi?species=Human&gid=&mir_sc=&mir_c=&mir_nc=&mirg=mmu-miR-148a 网址后缀不同的地方是mmu-miR-148a，其他部分都一样。因此可以根据你的miRNA名称文件，得到一批对于的网址，然后解析可以得到结果。具体可以用perl编程。 |
2楼2013-07-10 17:25:38
3楼2013-07-11 11:31:21