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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 怎样预测一批mirna的靶基因
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mystao

新虫 (初入文坛)

[求助] 怎样预测一批mirna的靶基因

我把一批miRNA放到一个txt文件里，想预测miRNA的靶基因，targetscan和mirbase都只可以单个输入，求解决方案，谢谢
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1楼 2013-07-06 20:28:29
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我要学perl么

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

去官方网站下程序、miRNA种子序列以及多序列比对等数据可以预测。
另外有一种方法也可以预测。比如说targetscan网站，当你输入mmu-miR-148a的时候得到结果的网址如下：
http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/vert_61/targetscan.cgi?species=Human&gid=&mir_sc=&mir_c=&mir_nc=&mirg=mmu-miR-148a
网址后缀不同的地方是mmu-miR-148a，其他部分都一样。因此可以根据你的miRNA名称文件，得到一批对于的网址，然后解析可以得到结果。具体可以用perl编程。
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2楼2013-07-10 17:25:38
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mystao

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我要学perl么 at 2013-07-10 17:25:38
去官方网站下程序、miRNA种子序列以及多序列比对等数据可以预测。
另外有一种方法也可以预测。比如说targetscan网站，当你输入mmu-miR-148a的时候得到结果的网址如下：
http://www.targetscan.org/cgi-bin/target ...

非常感谢
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3楼2013-07-11 11:31:21
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