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[求助]
分子生物学小白求助序列处理问题
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小弟现在是拿环境中真核浮游植物的18S 基因做生物多样性，由于没有分子生物学的背景，基本属于小白。现在拿到了一些数据，但是不懂得处理，一些生物信息学的软件也不会用，实在愁人 。望小木虫里的众大神解救 我主要的问题如下： 1、我做生物多样性，拿到序列之后的处理流程：序列处理-划分OTU-做进化树，这个想法对么？ 2、关于序列处理，我拿到一批序列后的处理思路应该是怎样？（之前没有处理过，什么都不懂，所以拿到序列之后一点想法都没有，不知道该干嘛...还望大神们提点） 3、有的序列是正向的有的是反向的，如何确定哪些序列是反向的（还有会不会有互补的序列？）？如果是反向的，那么比对的时候如何倒过来？用什么软件？怎么操作（看了半天的使用说明书还是很茫然，只有请教各位大神了）？（我现在装的软件有BioEdit，Mega 5，primer premier 5，Clustal X2，以下同） 4、序列比对的时候要把PCR的引物加进去一起比对? 添加进去的引物序列是实际引物的互补序列？比对序列的时候把不同序列中的相同的碱基序列对应起来，这样做是为了做什么？比对完之后下一步又该做什么？ 5、如何划分OTU？怎么操作？在划分OTU之前先要做好哪些准备工作？ 6、稀释曲线怎么做？ 7、检测和去除chimera是指什么？做什么用的？怎么做？ |
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 脱离小白-分子生物学 |
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4楼2013-06-17 08:45:20
wujiangjack
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