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xingxingkids

金虫 (著名写手)

[求助] 关于合成的引物DNA序列在260nm处没有吸收峰,是怎么回事??

合成的引物,经过离心溶解后,进行紫外测试,结果在260nm处竟然没有吸收峰,请问可能是什么原因,谢谢!!
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

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我现在也不清楚205、340、345nm处的峰是什么。用10000r离心了5min,可能是速度高了些,因为引物DNA是单链,一反面可能剪切力作用切割ssDNA更明显,另一方面,单链DNA在离心力作用下可能形成不规则的线团状结构,又由于磷酸是亲水的,其包裹在在外面,碱基在线团状结构的内部,导致了碱基紫外吸收峰被遮蔽。样品浓度大概在10 的负7次方左右这个浓度应该不高。
6楼2013-06-08 18:41:06
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
xingxingkids: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢您的耐心解答。我会按照您的说法再去试一下,谢谢!! 2013-06-09 12:23:48
引用回帖:
4楼: Originally posted by xingxingkids at 2013-06-08 17:55:32
请问长时间离心会对DNA有什么影响吗??我是先用4000r离心5min,后来不放心又用10000r离心了5min,然后就加TE溶液溶解了。...

我查了一下具体的用紫外光测定DNA的实验流程,楼主的离心机转速也太猛了。如果待测核酸中含有酸溶性的核苷酸或聚合的多核苷酸,则需要用钼酸铵-过氯酸沉淀剂(钼酸铵0.25%,过氯酸2.5%)沉淀离心后取上清液测定紫外260nm吸收峰。钼酸铵-过氯酸沉淀剂(钼酸铵0.25%,过氯酸2.5%)制备方法:取3.6mL70%过氯酸和0.25g钼酸铵溶于96.4mL蒸馏水。
具体去除酸溶性的核苷酸或聚合的多核苷酸的实验流程是:0.5mL 样品DNA溶液和0.5mL蒸馏水,放入离心管A;0.5mL 样品DNA溶液和0.5mL蒸馏水,放入离心管B,钼酸铵-过氯酸沉淀剂摇匀,冰浴30分钟,以3000转/分离心10分钟。然后分别从离心管A和离心管B中分别吸取0.4mL上清液到50mL容量瓶内,定容到刻度。于紫外光光度计测定260nm处吸收峰。
你的实验因为不需要测定DNA样品的具体浓度,所以可以直接用蒸馏水作对照。但是你的离心机的转速也未免太太大了。
另外说一下DNA溶液的浓度:每mL含有核酸(单链DNA,双链DNA,RNA均可)5-50微克即可测定260nm和280nm的吸收峰,双链DNA的每个碱基对的平均分子量是618.
7楼2013-06-08 23:21:36
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
是不是离心后剪切力过大,粉碎了DNA,或者DNA被水解了,你用电泳测试一下。
2楼2013-06-08 17:30:19
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
xingxingkids: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-06-08 18:03:31
xingxingkids(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,感谢你的慷慨解囊,期待你的精彩。 2013-06-09 09:34:27
是不是你的样品浓度太大了,这时紫外光谱可能测不来。如果你的样品中可能混有其他的大分子DNA则要用钼酸铵-过氯酸沉淀剂(钼酸铵0.25%,过氯酸2.5%)沉淀离心后取上清液测定紫外260nm吸收峰。钼酸铵-过氯酸沉淀剂(钼酸铵0.25%,过氯酸2.5%)制备方法:取3.6mL70%过氯酸和0.25g钼酸铵溶于96.4mL蒸馏水。
3楼2013-06-08 17:45:14
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xingxingkids

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-06-08 17:30:19
是不是离心后剪切力过大,粉碎了DNA,或者DNA被水解了,你用电泳测试一下。

请问长时间离心会对DNA有什么影响吗??我是先用4000r离心5min,后来不放心又用10000r离心了5min,然后就加TE溶液溶解了。
4楼2013-06-08 17:55:32
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xingxingkids

金虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-06-08 17:45:14
是不是你的样品浓度太大了,这时紫外光谱可能测不来。如果你的样品中可能混有其他的大分子DNA则要用钼酸铵-过氯酸沉淀剂(钼酸铵0.25%,过氯酸2.5%)沉淀离心后取上清液测定紫外260nm吸收峰。钼酸铵-过氯酸沉淀剂(钼 ...

先谢谢您。样品浓度大概在10 的负7次方左右,不知道这样浓度算不算太大?奇怪的是在205、340、345nm登处竟然出峰了。
下面是测试的紫外光谱图。
关于合成的引物DNA序列在260nm处没有吸收峰,是怎么回事??
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5楼2013-06-08 18:02:26
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xingxingkids

金虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-06-08 18:41:06
我现在也不清楚205、340、345nm处的峰是什么。用10000r离心了5min,可能是速度高了些,因为引物DNA是单链,一反面可能剪切力作用切割ssDNA更明显,另一方面,单链DNA在离心力作用下可能形成不规则的线团状结构,又由 ...

您好,我想确定一下,为什么有人说12000rpm处理5min绝对不会损坏DNA呢??
8楼2013-06-14 21:00:55
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凌波丽

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★ ★
xingxingkids: 金币+2, ★★★★★最佳答案 2013-06-15 11:03:28
引用回帖:
8楼: Originally posted by xingxingkids at 2013-06-14 21:00:55
您好,我想确定一下,为什么有人说12000rpm处理5min绝对不会损坏DNA呢??...

DNA是线状高分子,12000rpm处理5min引起的剪切力绝对不可能不会损坏DNA!不信直接用质谱检测12000rpm处理5min前后的DNA的分子量的质谱峰有没有变化。

有人说12000rpm处理5min绝对不会损坏DNA呢??----其实验依据是什么?!------有人还说上帝存在哪!

如果你认为:你合成的DNA是否出现在溶液中有问题,最简单的试验检测方法,直接用MS检测溶液中的生物大分子的相对分子量!
9楼2013-06-14 23:16:25
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xingxingkids

金虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-06-14 23:16:25
DNA是线状高分子,12000rpm处理5min引起的剪切力绝对不可能不会损坏DNA!不信直接用质谱检测12000rpm处理5min前后的DNA的分子量的质谱峰有没有变化。

有人说12000rpm处理5min绝对不会损坏DNA呢??----其实验依 ...

真的非常感谢您,真理是客观的,通过排除我已经基本确定,我的DNA前处理主要问题出在离心时间与转速上。我打算改用4000r处理5min,使得DNA从管壁上离心下来,又不破坏它。谢谢!!!
10楼2013-06-15 11:03:19
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