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新虫 (初入文坛)

[求助] 【求助/交流】微卫星多态性检测maker条带如何优化

聚丙烯酰胺电泳检测的微卫星多态性，结果如图：maker一直有不同程度的拖尾或者条带过粗和模糊，影响我判读序列长度，想把maker条带做的更清晰，不知道该从什么地方改进？
【求助/交流】微卫星多态性检测maker条带如何优化


【求助/交流】微卫星多态性检测maker条带如何优化-1
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1楼 2013-05-28 14:34:06
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siyuewuyv

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-20 22:11:27
1949stone: MolEPI+1, good 2013-06-21 08:37:39
楼主的胶品相实在不敢恭维。做胶的时候玻璃板要封好，这样点样孔才不会缩进去。楼主的胶下面怎么不齐啊，是后来切的吗？如果不是，那胶要做规整一点，条带才不会弯弯曲曲。还有电泳时缓冲液要多一点，太少的话液面不平，电场分布不均匀就会造成整体条带“微笑”。你的MAKER拖尾，可能是因为上样量太大或电泳电压过高。还有银染染色时显色液加甲醛能让胶的背景色变弱便于观察。
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2楼2013-06-20 20:45:06
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siyuewuyv

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-20 22:11:36
1949stone: 金币+2, 鼓励多多交流 我也做过这个 很有感触啊 2013-06-21 08:38:06
由于我做的是群体遗传，所以要知道每个个体微卫星的基因型，由于常规的跑胶读不出来，所以要用毛细管电泳进行分型，对PCR产物的要求比较高。
    但我PCR产物用PAGE跑胶发现杂带较多，通过改变退火温度和T-D PCR都不能有效的减少杂带。请问有什么好的建议？
（PS：我做PCR用的是天根的 2*Taq PCR Master Mix , 10ul体系，引物0.5+0.5 ,模板1.  我的模板质量确实不是太高，这会是主要原因吗？）
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3楼2013-06-20 20:48:22
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平凡却最重要

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by siyuewuyv at 2013-06-20 20:48:22
由于我做的是群体遗传，所以要知道每个个体微卫星的基因型，由于常规的跑胶读不出来，所以要用毛细管电泳进行分型，对PCR产物的要求比较高。
    但我PCR产物用PAGE跑胶发现杂带较多，通过改变退火温度和T-D PCR都 ...

是荧光标记的毛细管检测么？模板不纯或者有降解出现杂带是很可能的。模板质量不高是指亮度方面还是有降解呢？还有基因型普通page也可以跑呀，效果好一点跑变性胶，不过确实麻烦了点。
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4楼2014-06-25 15:04:12
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平凡却最重要

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by siyuewuyv at 2013-06-20 20:45:06
楼主的胶品相实在不敢恭维。做胶的时候玻璃板要封好，这样点样孔才不会缩进去。楼主的胶下面怎么不齐啊，是后来切的吗？如果不是，那胶要做规整一点，条带才不会弯弯曲曲。还有电泳时缓冲液要多一点，太少的话液面不 ...

感谢解答。。追问：我最后是直接测序检测的微卫星，关于这样做，我只找到中文的引证，直接测序检测微卫星到底可不可行，希望能找到sci的引证
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5楼2014-06-25 15:13:54
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