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星期五13木虫 (正式写手)
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16sRNA系统发育树与生化试验结果不一致，该如何处理？
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我在环境中筛选一株细菌，做16sRNA测序，分析是假单胞菌属，然后做了Vitek自动鉴定，结果是恶臭假单胞菌。我选择了20种假单胞菌属中的标准菌种，用mega做系统发育树，可是无论怎么做我筛选的菌种都不和恶臭假单胞菌在一起。这种情况怎么办？ 进化树.jpg |
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Vitek、Biolog都不行，虽然有几十个生化反应，但都不是传统的生化反应。 API是传统的生化反应，但API同样不能鉴定数据库之外的种。 像你这种情况，采用16S测序，鉴定到到属就可以了。 你这个进化树，初步表明是假单胞菌最接近斯氏假单胞菌的种，就算完成鉴定了。 如果有进一步的兴趣，请打下这个网站：http://www.bacterio.cict.fr/ 在假单胞菌属，把全部的模式序列下载了，构建进化树，或者会有100%相似的。 |
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星期五139楼2013-05-20 22:29:59
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