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星期五13

木虫 (正式写手)

[求助] 16sRNA系统发育树与生化试验结果不一致,该如何处理?

我在环境中筛选一株细菌,做16sRNA测序,分析是假单胞菌属,然后做了Vitek自动鉴定,结果是恶臭假单胞菌。我选择了20种假单胞菌属中的标准菌种,用mega做系统发育树,可是无论怎么做我筛选的菌种都不和恶臭假单胞菌在一起。这种情况怎么办?

进化树.jpg
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星期五13

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by ququtdr at 2013-05-20 22:29:59
Vitek、Biolog都不行,虽然有几十个生化反应,但都不是传统的生化反应。
API是传统的生化反应,但API同样不能鉴定数据库之外的种。
像你这种情况,采用16S测序,鉴定到到属就可以了。
你这个进化树,初步表明是假 ...

我发现构建进化树好像有很多问题。我现在把我构建进化树种的几个菌种剔除后,可以把我的菌株和恶臭芽孢杆菌放到一个簇里面了。在构建进化树中有没有什么标准?

我联系过生物所做菌种鉴定,算上菌落形态,革兰氏染色总共才10多个实验结果,就确定到了种。好像是按照伯杰氏手册来判断的,要加3000多,我觉得太亏了。哈哈
10楼2013-05-22 15:48:02
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
星期五13: 金币+1, 谢谢,应该不是这个原因!哈哈 2013-05-18 12:54:12
测序不准确。。现在的鉴定公司,做不出来你觉得他们会怎么做?哈哈
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
2楼2013-05-18 08:45:38
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星期五13

木虫 (正式写手)

测序和生化试验是分开的,测序的不知道生化结果,他们通知我说是假单胞菌,但是不能确定到种
3楼2013-05-18 12:54:55
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
星期五13: 金币+1, 哈哈。 2013-05-18 21:39:11
星期五13: 金币+3 2013-05-19 17:12:24
引用回帖:
3楼: Originally posted by 星期五13 at 2013-05-18 12:54:55
测序和生化试验是分开的,测序的不知道生化结果,他们通知我说是假单胞菌,但是不能确定到种

那就有问题了,上海生工么?这个很差劲,经常测不出来的。。
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
4楼2013-05-18 15:29:05
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