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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 16sRNA系统发育树与生化试验结果不一致，该如何处理？
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星期五13

木虫 (正式写手)

[求助] 16sRNA系统发育树与生化试验结果不一致，该如何处理？

我在环境中筛选一株细菌，做16sRNA测序，分析是假单胞菌属，然后做了Vitek自动鉴定，结果是恶臭假单胞菌。我选择了20种假单胞菌属中的标准菌种，用mega做系统发育树，可是无论怎么做我筛选的菌种都不和恶臭假单胞菌在一起。这种情况怎么办？

进化树.jpg
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1楼 2013-05-17 17:14:20
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ququtdr

新虫 (小有名气)
Vitek、Biolog都不行，虽然有几十个生化反应，但都不是传统的生化反应。
API是传统的生化反应，但API同样不能鉴定数据库之外的种。
像你这种情况，采用16S测序，鉴定到到属就可以了。
你这个进化树，初步表明是假单胞菌最接近斯氏假单胞菌的种，就算完成鉴定了。
如果有进一步的兴趣，请打下这个网站：http://www.bacterio.cict.fr/
在假单胞菌属，把全部的模式序列下载了，构建进化树，或者会有100%相似的。
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星期五13
9楼2013-05-20 22:29:59
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普通回帖

416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
星期五13: 金币+1, 谢谢，应该不是这个原因！哈哈 2013-05-18 12:54:12
测序不准确。。现在的鉴定公司，做不出来你觉得他们会怎么做？哈哈
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做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
2楼2013-05-18 08:45:38
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星期五13

木虫 (正式写手)
测序和生化试验是分开的，测序的不知道生化结果，他们通知我说是假单胞菌，但是不能确定到种
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3楼2013-05-18 12:54:55
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
星期五13: 金币+1, 哈哈。 2013-05-18 21:39:11
星期五13: 金币+3 2013-05-19 17:12:24
引用回帖:
3楼: Originally posted by 星期五13 at 2013-05-18 12:54:55
测序和生化试验是分开的，测序的不知道生化结果，他们通知我说是假单胞菌，但是不能确定到种

那就有问题了，上海生工么？这个很差劲，经常测不出来的。。
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做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
4楼2013-05-18 15:29:05
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星期五13

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 416114799 at 2013-05-18 15:29:05
那就有问题了，上海生工么？这个很差劲，经常测不出来的。。...

是吉美测的。我当时就是给了他们一个菌种让他们测16sRNA，然后我有拿到别的地方做个Vitek自动鉴定。后来测序的给我结果说是假单胞菌，但是不能确定到种。生化那里给我结果说恶臭假单胞菌。在属上是同一的。但是现在我自己做进化树，不能和恶臭在一个簇里面！
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5楼2013-05-18 21:36:53
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springwater

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
星期五13: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢！！现在不想做这么复杂。 2013-05-19 17:12:11
还可以试试rpoB基因测序，构建进化树，构建时，要选多个属的同源序列。
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6楼2013-05-19 13:24:10
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ququtdr

新虫 (小有名气)
呵呵，vitek 只能做临床菌株，而且只是数据库里面有的假单胞菌。
你从环境分离到的菌株，怎么能信vitek?
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

星期五13
7楼2013-05-20 01:41:02
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星期五13

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by ququtdr at 2013-05-20 01:41:02
呵呵，vitek 只能做临床菌株，而且只是数据库里面有的假单胞菌。
你从环境分离到的菌株，怎么能信vitek?

哈哈，金币给分完了。送你个小红花吧。

vitek 做了几十个生化，而且鉴定结果可信度是99%，我再对照伯杰氏手册查查看看。

对了，你哪知道什么地方可以做API或者Biolog鉴定的吗？当时找在网上没有找到，就找了医院的朋友帮忙做了一下。
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8楼2013-05-20 14:29:48
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星期五13

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by ququtdr at 2013-05-20 22:29:59
Vitek、Biolog都不行，虽然有几十个生化反应，但都不是传统的生化反应。
API是传统的生化反应，但API同样不能鉴定数据库之外的种。
像你这种情况，采用16S测序，鉴定到到属就可以了。
你这个进化树，初步表明是假 ...

我发现构建进化树好像有很多问题。我现在把我构建进化树种的几个菌种剔除后，可以把我的菌株和恶臭芽孢杆菌放到一个簇里面了。在构建进化树中有没有什么标准？

我联系过生物所做菌种鉴定，算上菌落形态，革兰氏染色总共才10多个实验结果，就确定到了种。好像是按照伯杰氏手册来判断的，要加3000多，我觉得太亏了。哈哈
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10楼2013-05-22 15:48:02
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