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ferris0312

木虫 (正式写手)

[求助] cif中计算的分子式C12 H12 N4 O10 Zn，实际是14个H，求大神帮忙修改下cif

cif中计算的分子式C12 H12 N4 O10 Zn，实际是14个H，求大神帮忙修改下cif。投搞审稿人说咪唑的缺氢，加上之后分子式和分子量在cif中计算出来的和实际不对了，加H后可能是H的占有量不对了，求大神帮忙看有没有办法修改。cif上传到附件，在此表示感谢。
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  • 附件 1 : test_0m.cif
    • 2013-05-10 00:38:30, 18.61 K

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1楼 2013-05-10 00:39:42
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ferris0312

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by p452_1 at 2013-05-10 06:02:14
其实你的结构是咪唑上的羧酸氧原子上缺一个质子（H），经比较键长O2-C4 = 1.292, 并且O2没有跟金属键连，所以在O2上头应该接一个H原子，但是这个H原子最好在残余峰Q峰中找到比较好。
你可以看到你的结构目前电荷不 ...

之前我是在氧原子上修上氢的，可是编辑还说缺H，我只好改成这样的，改后发现分子式就不对了。O2在原始数据中是用氢键与O3相连的修改掉氢键了。缺的H是N上的。
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3楼2013-05-10 12:24:42
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
其实你的结构是咪唑上的羧酸氧原子上缺一个质子（H），经比较键长O2-C4 = 1.292, 并且O2没有跟金属键连，所以在O2上头应该接一个H原子，但是这个H原子最好在残余峰Q峰中找到比较好。
你可以看到你的结构目前电荷不平衡，负电荷多，O2上加上H以后，正负电荷就平衡了，可能分子式也对了。
建议你在ins文件里修改分子式，在Q峰里找到O2上的H原子，命名后再做精修，应该这个问题就解决了。
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老歪博
2楼2013-05-10 06:02:14
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by ferris0312 at 2013-05-10 12:24:42
之前我是在氧原子上修上氢的，可是编辑还说缺H，我只好改成这样的，改后发现分子式就不对了。O2在原始数据中是用氢键与O3相连的修改掉氢键了。缺的H是N上的。...

你现在的分子式是C12H12 N4 O10 Zn，缺了2个H原子。N2上头应该有一个H原子，你可以参考咪唑的结构式，但是O2上还应该键连一个H原子，这时候电荷才平衡，你的分子式才正确。有hkl和res（ins）文件，就可以完成这些事情。所以编辑说的有道理。
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老歪博
4楼2013-05-10 14:47:22
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ferris0312

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by p452_1 at 2013-05-10 14:47:22
你现在的分子式是C12H12 N4 O10 Zn，缺了2个H原子。N2上头应该有一个H原子，你可以参考咪唑的结构式，但是O2上还应该键连一个H原子，这时候电荷才平衡，你的分子式才正确。有hkl和res（ins）文件，就可以完成这些事 ...

有hkl和res文件，大神能帮我修改一下吗？在此表示感谢！！！
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5楼2013-05-10 23:19:46
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