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gege820530

木虫 (正式写手)

[求助] 求助checkcif中的一个A类错误的解决办法 已有3人参与

MOF类结构中用squeeze去掉了孔道中的客体分子,在结构解析的过程中,手动填写了res文件中的CHON等原子个数(包括用squeeze去掉的客体分子的CHON等原子也计算在内了)。由此得到的cif文件在checkcif中出现了一个A类错误,说结构中的原子个数和填写得到的原子个数不符。求各位大神在填写完整晶体分子式的同时,有没有好的解决办法消除掉这个A类错误?
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zxwxiaowei

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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squeeze完后,把sqf文件用记事本打开,把里面的全部复制到cif里就可以了,不用改其他的。
像风一样自由
2楼2015-06-25 14:24:39
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蔚蓝之枫

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zxwxiaowei at 2015-06-25 14:24:39
squeeze完后,把sqf文件用记事本打开,把里面的全部复制到cif里就可以了,不用改其他的。

分子式什么的也不需要改吗
3楼2015-06-25 14:48:08
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gege820530

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zxwxiaowei at 2015-06-25 14:24:39
squeeze完后,把sqf文件用记事本打开,把里面的全部复制到cif里就可以了,不用改其他的。

squeeze 之后把sqf文件里的东西粘贴进去,checkcif依然会有A类报错
4楼2015-06-25 15:00:08
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zxwxiaowei

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

内容已删除
像风一样自由
5楼2015-06-25 16:42:12
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匿名

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6楼2015-06-25 16:46:15
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gege820530

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by lich666 at 2015-06-25 16:46:15
squeeze掉的原子就不要算了,只填看到的不对称单元里的原子就行了。

问题是晶体学编辑要求把squeeze掉的原子都填上去....
7楼2015-06-25 16:56:18
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匿名

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精修问题可私信


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8楼2015-06-25 16:57:20
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gege820530

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zxwxiaowei at 2015-06-25 16:42:12
把sqf文件里的东西粘贴进去以后就不要继续精修了,直接用网页checkcif,不要用软件自带的功能check,而且你的a类错误是说什么呢?...

CHEMW03_ALERT_2_A ALERT: The ratio of given/expected molecular weight as
            calculated from the _atom_site* data lies outside
            the range 0.90 <> 1.10
           From the CIF: _cell_formula_units_Z                    2
           From the CIF: _chemical_formula_weight           775.66
           TEST: Calculate formula weight from _atom_site_*
           atom     mass    num     sum
           C        12.01   12.00  144.13
           H         1.01    0.00    0.00
           N        14.01    4.00   56.03
           O        16.00    2.00   32.00
           S        32.07    8.00  256.53
           Nd      144.24    1.00  144.24
           Calculated formula weight              632.93
9楼2015-06-25 16:58:02
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gege820530

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by lich666 at 2015-06-25 16:57:20
在文章里说下就行了吧。在cif里加肯定报错啊。...

让我用最新的shelx2014和最新版本的platon....都快崩溃了....以前也木有用过啊...
10楼2015-06-25 16:59:46
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