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doubleping

新虫 (小有名气)

[求助] pcr-dgge分析土壤微生物群落要做平行样吗?

pcr-dgge分析土壤微生物群落要做平行样吗?我们实验室采的土样都有三个重复处理,我做pcr-dgge实验也是三个重复样品都做吗?做dgge时候是三个平行样并列排在一起吗?数据分析时候怎么办?是都要分析还是取平均值?不好意思,我知道这问题很浅显,但是原谅我是我们学校第一个做pcr-dgge的,没人带着,而且我们院也没人做微生物,自己也没有微生物基础,所以指望大家啦,十二万分感谢
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双双WC

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
doubleping(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-09 13:09:12
三个不同盆栽的重复跑出来的条带很有可能不一样,这样没有重复性,本来DGGE的重复性就不是很强,建议分开跑,分开分析
5楼2013-05-07 16:21:43
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genolab

金虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
doubleping(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-09 13:08:54
doubleping: 金币+1, ★★★★★最佳答案 2013-07-14 11:05:56
一般不需要做平行。
既然你们已经坐了3个重复样品取样,那可以将3个重复样本分别取部分样本混合后提取DNA作为该样本进行DGGE实验。这样也可以弥补取样时可能导致的微生物分布不均的问题。

当然,如果你的样本数目不是特别多,分为3个重复样本跑DGGE也是可以的。
2楼2013-05-07 09:26:53
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lhf903

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
doubleping(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-09 13:09:00
土壤微生物群落结构很难说,有时候比较麻烦。同一个土样的三个重复有时候提完DNA做PCR-DGGE也会有很大变化,如果你的三个重复土样来自一块田的话,建议你混合之后提一个DNA,如果是一个处理,三个小区里分别采了一个土样的话,那就一份土样提一个DNA~
3楼2013-05-07 10:13:31
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doubleping

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by genolab at 2013-05-07 09:26:53
一般不需要做平行。
既然你们已经坐了3个重复样品取样,那可以将3个重复样本分别取部分样本混合后提取DNA作为该样本进行DGGE实验。这样也可以弥补取样时可能导致的微生物分布不均的问题。

当然,如果你的样本数 ...

一共有72个样,三个重复样是在三个不同的盆栽里的,这样该怎么办
4楼2013-05-07 16:13:26
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