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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » pcr-dgge分析土壤微生物群落要做平行样吗？
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doubleping

新虫 (小有名气)

[求助] pcr-dgge分析土壤微生物群落要做平行样吗？

pcr-dgge分析土壤微生物群落要做平行样吗？我们实验室采的土样都有三个重复处理，我做pcr-dgge实验也是三个重复样品都做吗？做dgge时候是三个平行样并列排在一起吗？数据分析时候怎么办？是都要分析还是取平均值？不好意思，我知道这问题很浅显，但是原谅我是我们学校第一个做pcr-dgge的，没人带着，而且我们院也没人做微生物，自己也没有微生物基础，所以指望大家啦，十二万分感谢
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1楼 2013-05-06 19:31:38
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doubleping

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by genolab at 2013-05-07 09:26:53
一般不需要做平行。
既然你们已经坐了3个重复样品取样，那可以将3个重复样本分别取部分样本混合后提取DNA作为该样本进行DGGE实验。这样也可以弥补取样时可能导致的微生物分布不均的问题。

当然，如果你的样本数 ...

一共有72个样，三个重复样是在三个不同的盆栽里的，这样该怎么办
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4楼2013-05-07 16:13:26
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genolab

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
doubleping(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-09 13:08:54
doubleping: 金币+1, ★★★★★最佳答案 2013-07-14 11:05:56
一般不需要做平行。
既然你们已经坐了3个重复样品取样，那可以将3个重复样本分别取部分样本混合后提取DNA作为该样本进行DGGE实验。这样也可以弥补取样时可能导致的微生物分布不均的问题。

当然，如果你的样本数目不是特别多，分为3个重复样本跑DGGE也是可以的。
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2楼2013-05-07 09:26:53
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lhf903

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
doubleping(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-09 13:09:00
土壤微生物群落结构很难说，有时候比较麻烦。同一个土样的三个重复有时候提完DNA做PCR-DGGE也会有很大变化，如果你的三个重复土样来自一块田的话，建议你混合之后提一个DNA，如果是一个处理，三个小区里分别采了一个土样的话，那就一份土样提一个DNA~
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3楼2013-05-07 10:13:31
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双双WC

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
doubleping(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-09 13:09:12
三个不同盆栽的重复跑出来的条带很有可能不一样，这样没有重复性，本来DGGE的重复性就不是很强，建议分开跑，分开分析
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5楼2013-05-07 16:21:43
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