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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » pcr-dgge分析土壤微生物群落要做平行样吗？
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doubleping

新虫 (小有名气)

[求助] pcr-dgge分析土壤微生物群落要做平行样吗？

pcr-dgge分析土壤微生物群落要做平行样吗？我们实验室采的土样都有三个重复处理，我做pcr-dgge实验也是三个重复样品都做吗？做dgge时候是三个平行样并列排在一起吗？数据分析时候怎么办？是都要分析还是取平均值？不好意思，我知道这问题很浅显，但是原谅我是我们学校第一个做pcr-dgge的，没人带着，而且我们院也没人做微生物，自己也没有微生物基础，所以指望大家啦，十二万分感谢
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1楼 2013-05-06 19:31:38
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genolab

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
doubleping(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-09 13:08:54
doubleping: 金币+1, ★★★★★最佳答案 2013-07-14 11:05:56
一般不需要做平行。
既然你们已经坐了3个重复样品取样，那可以将3个重复样本分别取部分样本混合后提取DNA作为该样本进行DGGE实验。这样也可以弥补取样时可能导致的微生物分布不均的问题。

当然，如果你的样本数目不是特别多，分为3个重复样本跑DGGE也是可以的。
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2楼2013-05-07 09:26:53
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lhf903

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
doubleping(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-09 13:09:00
土壤微生物群落结构很难说，有时候比较麻烦。同一个土样的三个重复有时候提完DNA做PCR-DGGE也会有很大变化，如果你的三个重复土样来自一块田的话，建议你混合之后提一个DNA，如果是一个处理，三个小区里分别采了一个土样的话，那就一份土样提一个DNA~
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3楼2013-05-07 10:13:31
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doubleping

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by genolab at 2013-05-07 09:26:53
一般不需要做平行。
既然你们已经坐了3个重复样品取样，那可以将3个重复样本分别取部分样本混合后提取DNA作为该样本进行DGGE实验。这样也可以弥补取样时可能导致的微生物分布不均的问题。

当然，如果你的样本数 ...

一共有72个样，三个重复样是在三个不同的盆栽里的，这样该怎么办
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4楼2013-05-07 16:13:26
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双双WC

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
doubleping(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-09 13:09:12
三个不同盆栽的重复跑出来的条带很有可能不一样，这样没有重复性，本来DGGE的重复性就不是很强，建议分开跑，分开分析
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5楼2013-05-07 16:21:43
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doubleping

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 双双WC at 2013-05-07 16:21:43
三个不同盆栽的重复跑出来的条带很有可能不一样，这样没有重复性，本来DGGE的重复性就不是很强，建议分开跑，分开分析

分开跑分开分析，是什么意思？没有重复性是不是三个不同盆栽重复样混合做一个比较好
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6楼2013-05-07 20:27:28
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双双WC

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
doubleping(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖交流！ 2013-05-09 13:09:21
引用回帖:
6楼: Originally posted by doubleping at 2013-05-07 20:27:28
分开跑分开分析，是什么意思？没有重复性是不是三个不同盆栽重复样混合做一个比较好...

恩，可以，可以混合PCR后的DNA样跑DGGE。你之前说的三个不同盆栽土壤里微生物群落结构应该跑出来结果是不一样的，那样就是三个之间比较，也可以啊，看你实验目的了
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7楼2013-05-09 12:08:07
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