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新手SSR，不会区分目的条带，求帮助
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1、SSR体系 10×Taq Buffer(15mM／L Mgcl2) 1.5ul 5 umol／L 引物 各1ul 2U／ul 酶 0.5ul 2.5 dNTPs 1ul 50ng／ul DNA 0.4ul 补水至 15ul 扩增程序 94℃ 3min 94℃ 30s 55℃ 60s 72℃ 90s 循环35次 72℃ 7min 4℃保存 2、 跑胶是 8 %非变性聚丙烯凝胶， 280V 70min 加3ul上样缓冲液，点样3ul 3、染色是银染法  为什么我的目的条带都聚集在一块，模糊着看不清楚。非特异性条带也多？ |
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wuxingbo1986
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wuxingbo1986
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【答案】应助回帖
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淡墨melon(lqf808代发): 金币+2, 很好 2013-06-17 06:26:54
淡墨melon: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2013-06-21 09:34:45
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淡墨melon: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2013-06-21 09:34:45
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从你的图发现几点问题： 凝胶有断裂现象，说明可能制胶的时候各个药品没有充分混匀，成分不均一会容易断胶； 底边很不整齐，说明琼脂糖封板的时候可能温度稍低或浓度过大，造成封板胶界面不平滑，这也是胶容易断的一个诱因； 条带差点就跑穿了，该电压下跑的时间稍长，最好是降低电压，增加电泳时间； 条带略有弥散，条带间区分不明显，可以通过降低电压使条带压的更细一些，进一步提高分辨率； 从梳孔来看，凝胶放的时间稍长，夏天气温高空气干燥，建议不要放置太长时间； 条带分辨率的问题，换用25齿的大梳子跑出来的图要漂亮得多，分辨率立马提升； 还是分辨率的问题，条件允许的话建议使用大板，泳道30cm左右的那种电泳槽，条带区分度会提高很多的。 希望对你有用。 码字不容易，内容更是经验之谈，看着赏点币吧，多谢啦  |
8楼2013-06-16 22:59:32
9楼2013-06-18 21:42:50
我不是分割线
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