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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 农林 » 园艺 » 新手SSR，不会区分目的条带，求帮助
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淡墨melon

铜虫 (小有名气)

[求助] 新手SSR，不会区分目的条带，求帮助

1、SSR体系
    10×Taq Buffer(15mM／L Mgcl2)    1.5ul
    5 umol／L 引物                              各1ul
   2U／ul 酶                                       0.5ul
    2.5 dNTPs                                      1ul
    50ng／ul DNA                                 0.4ul
   补水至  15ul

    扩增程序
            94℃  3min
                      94℃  30s
                      55℃  60s
                       72℃ 90s
                       循环35次
            72℃ 7min
            4℃保存
2、 跑胶是 8 %非变性聚丙烯凝胶， 280V  70min
      加3ul上样缓冲液，点样3ul
3、染色是银染法

为什么我的目的条带都聚集在一块，模糊着看不清楚。非特异性条带也多？
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活得精彩，不要有遗憾！！
1楼 2013-04-28 20:17:43
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淡墨melon

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wuxingbo1986 at 2013-04-29 11:02:34
你这是在筛引物？

嗯。我在筛引物
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活得精彩，不要有遗憾！！
3楼2013-04-29 16:52:39
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wuxingbo1986

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你这是在筛引物？
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-29 11:02:34
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wuxingbo1986

银虫 (小有名气)
筛引物的话，这比较正常，条带还算比较清楚，多态性还可以的，四份DNA来筛引物是不是有些少了？如果想清楚一些的话，体系应该不用调整，复筛的时候，调整一下退火温度试试看吧。
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-29 21:30:41
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icepearl

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1.提高退火温度
2.减少DNA模板量
3.减少上样量
再不行，就要重新设计引物。
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-30 00:05:57
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