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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 真心求助，希望大家帮帮忙
汕头大学海洋科学接受调剂
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huyingdamon

银虫 (小有名气)

[求助] 真心求助，希望大家帮帮忙

我要计算两个分子之间的相互作用能，先要知道他们的pdb文件，不是蛋白分子，请问我应该怎么得到pdb文件，然后怎么转成拓扑文件。谢谢大家啦……
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1楼 2013-04-28 09:31:37
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Twitter

金虫 (小有名气)

铁军

【答案】应助回帖

★ ★
huyingdamon: 金币+2, ★有帮助 2013-05-08 19:20:17
你先构建这两个小分子，保存pdb格式，优化后用antechamber生成参数文件
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阿尔法狼，永远的追求！
2楼2013-05-08 17:16:21
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Twitter at 2013-05-08 17:16:21
你先构建这两个小分子，保存pdb格式，优化后用antechamber生成参数文件

比如我要用到的是甲基丙烯酸的，应该怎么做呢，嫩更具体点吗，还有我能用PRODRG软件生成拓扑吗
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3楼2013-05-08 19:22:03
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Twitter at 2013-05-08 17:16:21
你先构建这两个小分子，保存pdb格式，优化后用antechamber生成参数文件

还有我用的是gromacs模拟，希望您能帮帮忙，十分感谢哈
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4楼2013-05-08 20:06:58
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whl2dxl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-11 10:04:40
huyingdamon: 金币+4, ★有帮助 2013-05-13 12:34:39
如果分子量不大的话，拓扑文件我都是自己写的
1，可以从GROMACS中提供的立场文件中寻找你需要的力场参数，在user/local/.../gromacs/top/中，大部分的力场参数都可以找到的。
2，也可以从文献中查找力场参数
至于那个坐标文件，我都是用gaussian view或者ms建立单体，然后转成自己需要的体系

希望对你有帮助。
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5楼2013-05-11 09:55:45
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by whl2dxl at 2013-05-11 09:55:45
如果分子量不大的话，拓扑文件我都是自己写的
1，可以从GROMACS中提供的立场文件中寻找你需要的力场参数，在user/local/.../gromacs/top/中，大部分的力场参数都可以找到的。
2，也可以从文献中查找力场参数
至于 ...

谢谢哈，不过我还是不太清楚。比如我需要甲基丙烯酸的，文献中一般找不到，那应该怎么做呢。
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6楼2013-05-13 12:41:16
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whl2dxl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

那你先去gromacs自带的力场中找一下，比如说甲基的，碳碳双键，这样之类的力场参数里面都有的
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7楼2013-05-13 15:45:02
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469187892

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
huyingdamon: 金币+2 2013-05-16 19:31:27
我觉得你先构建小分子，优化，保存为pdb文件，然后用PRODRG软件，把你构建的小分子坐标贴上去就好，运行，就可以得到gromacs识别的小分子top文件，不过用PRODRG软件，得到的小分子的电荷往往不准确。
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加油！
8楼2013-05-13 16:38:26
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abigrabbit

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 469187892 at 2013-05-13 16:38:26
我觉得你先构建小分子，优化，保存为pdb文件，然后用PRODRG软件，把你构建的小分子坐标贴上去就好，运行，就可以得到gromacs识别的小分子top文件，不过用PRODRG软件，得到的小分子的电荷往往不准确。

电荷的话。可以用高斯拟合
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9楼2013-05-15 09:10:08
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469187892

银虫 (小有名气)
是的 我也是用高斯算的电荷 写进去的
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加油！
10楼2013-05-16 09:42:25
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