24小时热门版块排行榜    

查看: 1379  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)


[求助] 真心求助,希望大家帮帮忙

我要计算两个分子之间的相互作用能,先要知道他们的pdb文件,不是蛋白分子,请问我应该怎么得到pdb文件,然后怎么转成拓扑文件。谢谢大家啦……
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whl2dxl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-11 10:04:40
huyingdamon: 金币+4, 有帮助 2013-05-13 12:34:39
如果分子量不大的话,拓扑文件我都是自己写的
1,可以从GROMACS中提供的立场文件中寻找你需要的力场参数,在user/local/.../gromacs/top/中,大部分的力场参数都可以找到的。
2,也可以从文献中查找力场参数
至于那个坐标文件,我都是用gaussian view或者ms建立单体,然后转成自己需要的体系

希望对你有帮助。
5楼2013-05-11 09:55:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

Twitter

金虫 (小有名气)

铁军

【答案】应助回帖

★ ★
huyingdamon: 金币+2, 有帮助 2013-05-08 19:20:17
你先构建这两个小分子,保存pdb格式,优化后用antechamber生成参数文件
阿尔法狼,永远的追求!
2楼2013-05-08 17:16:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by Twitter at 2013-05-08 17:16:21
你先构建这两个小分子,保存pdb格式,优化后用antechamber生成参数文件

比如我要用到的是甲基丙烯酸的,应该怎么做呢,嫩更具体点吗,还有我能用PRODRG软件生成拓扑吗
3楼2013-05-08 19:22:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by Twitter at 2013-05-08 17:16:21
你先构建这两个小分子,保存pdb格式,优化后用antechamber生成参数文件

还有我用的是gromacs模拟,希望您能帮帮忙,十分感谢哈
4楼2013-05-08 20:06:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +3 布布和一二 2026-08-11 4/200 2026-08-11 15:20 by aasahr
[基金申请] 听说今天filecode变了 +26 布布和一二 2026-08-06 49/2450 2026-08-11 13:18 by WH3796
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
信息提示
请填处理意见