24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1207  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)


[求助] 真心求助,希望大家帮帮忙

我要计算两个分子之间的相互作用能,先要知道他们的pdb文件,不是蛋白分子,请问我应该怎么得到pdb文件,然后怎么转成拓扑文件。谢谢大家啦……
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

469187892

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
huyingdamon: 金币+2 2013-05-16 19:31:27
我觉得你先构建小分子,优化,保存为pdb文件,然后用PRODRG软件,把你构建的小分子坐标贴上去就好,运行,就可以得到gromacs识别的小分子top文件,不过用PRODRG软件,得到的小分子的电荷往往不准确。
加油!
8楼2013-05-13 16:38:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

Twitter

金虫 (小有名气)

铁军

【答案】应助回帖

★ ★
huyingdamon: 金币+2, 有帮助 2013-05-08 19:20:17
你先构建这两个小分子,保存pdb格式,优化后用antechamber生成参数文件
阿尔法狼,永远的追求!
2楼2013-05-08 17:16:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by Twitter at 2013-05-08 17:16:21
你先构建这两个小分子,保存pdb格式,优化后用antechamber生成参数文件

比如我要用到的是甲基丙烯酸的,应该怎么做呢,嫩更具体点吗,还有我能用PRODRG软件生成拓扑吗
3楼2013-05-08 19:22:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by Twitter at 2013-05-08 17:16:21
你先构建这两个小分子,保存pdb格式,优化后用antechamber生成参数文件

还有我用的是gromacs模拟,希望您能帮帮忙,十分感谢哈
4楼2013-05-08 20:06:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工 264分各科过A区国家线 +10 哈哈157349 2026-03-21 10/500 2026-03-27 13:06 by zzll406
[考研] 308求调剂 +5 墨墨漠 2026-03-27 5/250 2026-03-27 12:46 by 果果妈咪
[考研] 316求调剂 +5 Pigcasso 2026-03-24 5/250 2026-03-27 12:10 by zhshch
[考研] 南昌大学材料专硕311分求调剂 +10 77chaselx 2026-03-20 10/500 2026-03-27 11:28 by wangjy2002
[考研] 考研调剂 +9 小蜡新笔 2026-03-26 9/450 2026-03-27 11:10 by 不吃魚的貓
[考研] 311求调剂 +5 勇敢的小吴 2026-03-20 5/250 2026-03-27 11:07 by 不吃魚的貓
[考研] 304材料求调剂 +4 钟llll 2026-03-26 4/200 2026-03-27 03:42 by wxiongid
[考研] 321求调剂 +6 Ymlll 2026-03-24 6/300 2026-03-26 20:50 by 不吃魚的貓
[考研] 07化学280分求调剂 +8 722865 2026-03-23 8/400 2026-03-26 20:00 by 不吃魚的貓
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-26 3/150 2026-03-26 19:57 by nihaoar
[考研] 352求调剂 +4 大米饭! 2026-03-22 4/200 2026-03-26 16:40 by 不吃魚的貓
[考研] 085602 289分求调剂 +8 WWW西西弗斯 2026-03-24 8/400 2026-03-26 16:33 by 不吃魚的貓
[考研] 296求调剂 +5 www_q 2026-03-20 5/250 2026-03-26 12:56 by 3Strings
[考研] 332求调剂 +6 032500 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:45 by 418490947
[考研] 344求调剂 +3 desto 2026-03-24 3/150 2026-03-24 10:09 by 搏击518
[考研] 336化工调剂 +4 王大坦1 2026-03-23 5/250 2026-03-23 18:32 by allen-yin
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
[考研] 材料 271求调剂 +5 展信悦_ 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:29 by 学员8dgXkO
[考研] 330求调剂0854 +3 assdll 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:01 by 搏击518
[考研] 332求调剂 +3 凤凰院丁真 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:27 by luoyongfeng
信息提示
请填处理意见