应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs确定疏水性
131/2返回列表12下一页
查看: 1900  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wanglang1987

铜虫 (小有名气)

[求助] gromacs确定疏水性

gromacs跑出来以后，怎么样确定他的疏水性大小？我想比较前后的疏水性，请问怎么样解决？？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gromacs

» 猜你喜欢
滴答
1楼 2013-04-23 10:16:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+2, 多多交流 2013-04-23 20:40:08
确定亲水疏水性的性质是根据你的参数确定的吧？

比如在martini 粗粒化力场中，水的珠子类型是  P4 , 如果你模拟的物质珠子类型是  C1 ，那么这种物质就是疏水的

[ Last edited by jiaoyixiong on 2013-4-23 at 10:25 ]
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-23 10:23:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-23 10:23:36
确定亲水疏水性的性质是根据你的参数确定的吧？

比如在martini 粗粒化力场中，水的珠子类型是  P4 , 如果你模拟的物质珠子类型是  C1 ，那么这种物质就是疏水的
...

你说的我不是很懂，我指的是蛋白质没加离子之前有个亲疏性，加完离子后有个亲疏性，我想比较他们的大小，请问怎么解决？
赞一下 回复此楼
滴答
3楼2013-04-23 12:31:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wanglang1987 at 2013-04-23 12:31:41
你说的我不是很懂，我指的是蛋白质没加离子之前有个亲疏性，加完离子后有个亲疏性，我想比较他们的大小，请问怎么解决？...

那我也不清楚了，你需要再调研相关的文献
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-23 14:06:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-23 19:38:29
可以统计溶剂可及化表面积
赞一下 回复此楼
下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
5楼2013-04-23 15:58:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by childsliu at 2013-04-23 15:58:26
可以统计溶剂可及化表面积

可及化表面积？有相关文献吗？能不能给我一份？
赞一下 回复此楼
滴答
6楼2013-04-23 21:29:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by wanglang1987 at 2013-04-23 21:29:12
可及化表面积？有相关文献吗？能不能给我一份？...

可及化表面积，这个也只是定性的分析，相关文献我倒没有，如果你用VMD的话，可以查下measure sassa命令
赞一下 回复此楼
下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
7楼2013-04-24 09:13:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abigrabbit

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

gromacs 不是有g_sas分析功能；可以计算溶剂可及表面积；
赞一下 回复此楼
8楼2013-04-27 16:58:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangkun19190

铁虫 (初入文坛)
这个我也不是太懂啊
赞一下 回复此楼
健健康康毕业，顺顺利利工作
9楼2013-05-08 10:25:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spirte雷

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

可以用ligplot来分析疏水的个数
赞一下 回复此楼
用心体验就好
10楼2013-05-09 22:51:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wanglang1987 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 286求调剂 +25 Faune 2026-04-06 25/1250 2026-04-11 23:23 by labixiaoqiao
[考研] 材料工程日语考生求调剂 +7 0856?调剂 2026-04-10 7/350 2026-04-11 21:33 by 蓝云思雨
[考研] 284求调剂 +11 archer.. 2026-04-09 12/600 2026-04-11 20:23 by 蓝云思雨
[考研] 352 求调剂 +6 yzion 2026-04-11 8/400 2026-04-11 16:24 by 明月此时有
[硕博家园] 新一代电子信息294求调剂 不挑学校 +6 Ytyt11 2026-04-09 7/350 2026-04-11 10:52 by AA小小木虫
[考研] 087100初试311求调剂 +4 任雅琴 2026-04-09 4/200 2026-04-11 10:33 by zhq0425
[考研] 311求调剂 +13 xyp想读书 2026-04-10 14/700 2026-04-11 09:41 by 猪会飞
[考研] 化学工程与技术324调剂 +23 孙常华 2026-04-09 25/1250 2026-04-11 00:07 by 骑牛渡寒江
[考研] 一志愿华南理工大学331分材料求调剂 +9 天下ww 2026-04-09 9/450 2026-04-10 22:58 by Ftglcn90
[考研] 考研调剂 +26 硕星赴 2026-04-09 27/1350 2026-04-10 22:24 by 猪会飞
[考研] 071000生物学调剂求助 +17 zzzzwww 2026-04-09 20/1000 2026-04-10 15:55 by 求调剂zz
[考研] 本科211 工科085400 280分求调剂 可跨专业 +3 LZH（等待调剂中 2026-04-09 3/150 2026-04-09 21:29 by wutongshun
[考研] 一志愿中科院105500专业总分315求调剂 +6 lallalh 2026-04-09 7/350 2026-04-09 17:51 by lallalh
[考研] 一志愿西南大学生物学学硕344 求生物学相关调剂/生物与医药 +7 超人不会飞@ 2026-04-08 7/350 2026-04-09 09:35 by gong120082
[考研] 一志愿华南师范大学0702物理学305调剂 +4 念常安 2026-04-07 6/300 2026-04-08 22:53 by bljnqdcc
[考研] 考研求调剂 +4 雯??? 2026-04-08 4/200 2026-04-08 21:44 by 土木硕士招生
[考研] 机械工程264学硕求调剂 +3 qiushangxian 2026-04-06 3/150 2026-04-08 01:53 by Linzejun
[考研] 机械专硕274求调剂，不挑专业学校 +6 泛泛2333 2026-04-05 8/400 2026-04-06 18:06 by 泛泛2333
[考研] 331求调剂 +8 于征yz 2026-04-05 8/400 2026-04-06 00:54 by fmesaito
[考研] 求调剂 +7 张.1 2026-04-05 7/350 2026-04-05 20:40 by 啵啵啵0119
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭