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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs确定疏水性
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

[求助] gromacs确定疏水性

gromacs跑出来以后，怎么样确定他的疏水性大小？我想比较前后的疏水性，请问怎么样解决？？
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1楼 2013-04-23 10:16:08
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+2, 多多交流 2013-04-23 20:40:08
确定亲水疏水性的性质是根据你的参数确定的吧？

比如在martini 粗粒化力场中，水的珠子类型是  P4 , 如果你模拟的物质珠子类型是  C1 ，那么这种物质就是疏水的

[ Last edited by jiaoyixiong on 2013-4-23 at 10:25 ]
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2楼2013-04-23 10:23:36
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-23 10:23:36
确定亲水疏水性的性质是根据你的参数确定的吧？

比如在martini 粗粒化力场中，水的珠子类型是  P4 , 如果你模拟的物质珠子类型是  C1 ，那么这种物质就是疏水的
...

你说的我不是很懂，我指的是蛋白质没加离子之前有个亲疏性，加完离子后有个亲疏性，我想比较他们的大小，请问怎么解决？
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滴答
3楼2013-04-23 12:31:41
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wanglang1987 at 2013-04-23 12:31:41
你说的我不是很懂，我指的是蛋白质没加离子之前有个亲疏性，加完离子后有个亲疏性，我想比较他们的大小，请问怎么解决？...

那我也不清楚了，你需要再调研相关的文献
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4楼2013-04-23 14:06:29
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-23 19:38:29
可以统计溶剂可及化表面积
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
5楼2013-04-23 15:58:26
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by childsliu at 2013-04-23 15:58:26
可以统计溶剂可及化表面积

可及化表面积？有相关文献吗？能不能给我一份？
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滴答
6楼2013-04-23 21:29:12
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by wanglang1987 at 2013-04-23 21:29:12
可及化表面积？有相关文献吗？能不能给我一份？...

可及化表面积，这个也只是定性的分析，相关文献我倒没有，如果你用VMD的话，可以查下measure sassa命令
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
7楼2013-04-24 09:13:17
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abigrabbit

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

gromacs 不是有g_sas分析功能；可以计算溶剂可及表面积；
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8楼2013-04-27 16:58:25
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wangkun19190

铁虫 (初入文坛)
这个我也不是太懂啊
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健健康康毕业，顺顺利利工作
9楼2013-05-08 10:25:03
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spirte雷

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

可以用ligplot来分析疏水的个数
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用心体验就好
10楼2013-05-09 22:51:30
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