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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

[求助] gromacs确定疏水性

gromacs跑出来以后,怎么样确定他的疏水性大小?我想比较前后的疏水性,请问怎么样解决??
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Gromacs

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滴答
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spirte雷

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

可以用ligplot来分析疏水的个数
用心体验就好
10楼2013-05-09 22:51:30
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+2, 多多交流 2013-04-23 20:40:08
确定亲水疏水性的性质是根据你的参数确定的吧?

比如在martini 粗粒化力场中,水的珠子类型是  P4 , 如果你模拟的物质珠子类型是  C1 ,那么这种物质就是疏水的

[ Last edited by jiaoyixiong on 2013-4-23 at 10:25 ]
2楼2013-04-23 10:23:36
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-23 10:23:36
确定亲水疏水性的性质是根据你的参数确定的吧?

比如在martini 粗粒化力场中,水的珠子类型是  P4 , 如果你模拟的物质珠子类型是  C1 ,那么这种物质就是疏水的
...

你说的我不是很懂,我指的是蛋白质没加离子之前有个亲疏性,加完离子后有个亲疏性,我想比较他们的大小,请问怎么解决?
滴答
3楼2013-04-23 12:31:41
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wanglang1987 at 2013-04-23 12:31:41
你说的我不是很懂,我指的是蛋白质没加离子之前有个亲疏性,加完离子后有个亲疏性,我想比较他们的大小,请问怎么解决?...

那我也不清楚了,你需要再调研相关的文献
4楼2013-04-23 14:06:29
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