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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

[求助] gromacs确定疏水性

gromacs跑出来以后,怎么样确定他的疏水性大小?我想比较前后的疏水性,请问怎么样解决??
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Gromacs

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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-23 10:23:36
确定亲水疏水性的性质是根据你的参数确定的吧?

比如在martini 粗粒化力场中,水的珠子类型是  P4 , 如果你模拟的物质珠子类型是  C1 ,那么这种物质就是疏水的
...

你说的我不是很懂,我指的是蛋白质没加离子之前有个亲疏性,加完离子后有个亲疏性,我想比较他们的大小,请问怎么解决?
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3楼2013-04-23 12:31:41
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by childsliu at 2013-04-23 15:58:26
可以统计溶剂可及化表面积

可及化表面积?有相关文献吗?能不能给我一份?
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6楼2013-04-23 21:29:12
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by spirte雷 at 2013-05-09 22:51:30
可以用ligplot来分析疏水的个数

亲,又遇见你了,请问可以统计表面疏水分子个数吗?具体怎么样做呀?
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11楼2013-05-10 12:30:37
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by spirte雷 at 2013-05-09 22:51:30
可以用ligplot来分析疏水的个数

在吗?需要你帮助呀,用ligplot怎么分析疏水的个数,貌似只能分析氢键呀?
滴答
12楼2013-05-14 17:44:48
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