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lsc84

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] ORCA跨节点并行问题

我用1台pc机做服务器,4台pc机做计算,用pbsodes查看。
tc1a
     state = job-exclusive
     np = 2
     properties = 10.2.1.130
     ntype = cluster
     jobs = 0/41.compuchem, 1/41.compuchem
     status = rectime=1366182092,varattr=,jobs=41.compuchem,state=free,netload=229818960,gres=,loadave=1.99,ncpus=2,physmem=4025964kb,availmem=23454484kb,totmem=23556708kb,idletime=18185,nusers=1,nsessions=2,sessions=1623 1632,uname=Linux tc1a 2.6.32-5-amd64 #1 SMP Mon Feb 25 00:26:11 UTC 2013 x86_64,opsys=linux

tc1b
     state = job-exclusive
     np = 2
     properties = 10.2.1.131
     ntype = cluster
     jobs = 0/41.compuchem, 1/41.compuchem
     status = rectime=1366182089,varattr=,jobs=41.compuchem,state=free,netload=239624442,gres=,loadave=2.00,ncpus=2,physmem=4025964kb,availmem=23489840kb,totmem=23556708kb,idletime=18172,nusers=1,nsessions=1,sessions=1719,uname=Linux tc1b 2.6.32-5-amd64 #1 SMP Mon Feb 25 00:26:11 UTC 2013 x86_64,opsys=linux

tc1c
     state = job-exclusive
     np = 2
     properties = 10.2.1.132
     ntype = cluster
     jobs = 0/41.compuchem, 1/41.compuchem
     status = rectime=1366182115,varattr=,jobs=41.compuchem,state=free,netload=1164515836,gres=,loadave=1.99,ncpus=2,physmem=4025964kb,availmem=23451644kb,totmem=23556708kb,idletime=6050,nusers=1,nsessions=1,sessions=2020,uname=Linux tc1c 2.6.32-5-amd64 #1 SMP Mon Feb 25 00:26:11 UTC 2013 x86_64,opsys=linux

tc1d
     state = job-exclusive
     np = 2
     properties = 10.2.1.133
     ntype = cluster
     jobs = 0/29.compuchem, 1/29.compuchem
     status = rectime=1366182100,varattr=,jobs=29.compuchem,state=free,netload=3698879470,gres=,loadave=2.00,ncpus=2,physmem=4025964kb,availmem=23006192kb,totmem=23556708kb,idletime=16294,nusers=1,nsessions=1,sessions=1573,uname=Linux tc1d 2.6.32-5-amd64 #1 SMP Mon Feb 25 00:26:11 UTC 2013 x86_64,opsys=linux
      采用2台机子4核计算,不报错,但一直在orca_gtoint_mpi上运行。打开输出文件看,其文件就停在One electron integrals这里不动。
    不知道是什么原因?是ORCA不能做多机并行计算?还是jop文件编辑不对?
    部分jop文件为:
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -l walltime=2400:00:00
#PBS -V
#PBS -q batch
cat "$PBS_NODEFILE"
      非常感谢大家的关注!
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lsc84

铁杆木虫 (著名写手)

四台机子的状态为state = free时也不能用多台机子并行计算。
2楼2013-04-17 18:26:20
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lsc84

铁杆木虫 (著名写手)

4台机子8核下用ORCA2.9.1计算为什么一会可以运行,一会又不行呢?
难道提交作业也要看运气吗?
3楼2013-04-18 20:06:28
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