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lsc84铁杆木虫 (职业作家)
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ORCA跨节点并行问题
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我用1台pc机做服务器，4台pc机做计算，用pbsodes查看。 tc1a state = job-exclusive np = 2 properties = 10.2.1.130 ntype = cluster jobs = 0/41.compuchem, 1/41.compuchem status = rectime=1366182092,varattr=,jobs=41.compuchem,state=free,netload=229818960,gres=,loadave=1.99,ncpus=2,physmem=4025964kb,availmem=23454484kb,totmem=23556708kb,idletime=18185,nusers=1,nsessions=2,sessions=1623 1632,uname=Linux tc1a 2.6.32-5-amd64 #1 SMP Mon Feb 25 00:26:11 UTC 2013 x86_64,opsys=linux tc1b state = job-exclusive np = 2 properties = 10.2.1.131 ntype = cluster jobs = 0/41.compuchem, 1/41.compuchem status = rectime=1366182089,varattr=,jobs=41.compuchem,state=free,netload=239624442,gres=,loadave=2.00,ncpus=2,physmem=4025964kb,availmem=23489840kb,totmem=23556708kb,idletime=18172,nusers=1,nsessions=1,sessions=1719,uname=Linux tc1b 2.6.32-5-amd64 #1 SMP Mon Feb 25 00:26:11 UTC 2013 x86_64,opsys=linux tc1c state = job-exclusive np = 2 properties = 10.2.1.132 ntype = cluster jobs = 0/41.compuchem, 1/41.compuchem status = rectime=1366182115,varattr=,jobs=41.compuchem,state=free,netload=1164515836,gres=,loadave=1.99,ncpus=2,physmem=4025964kb,availmem=23451644kb,totmem=23556708kb,idletime=6050,nusers=1,nsessions=1,sessions=2020,uname=Linux tc1c 2.6.32-5-amd64 #1 SMP Mon Feb 25 00:26:11 UTC 2013 x86_64,opsys=linux tc1d state = job-exclusive np = 2 properties = 10.2.1.133 ntype = cluster jobs = 0/29.compuchem, 1/29.compuchem status = rectime=1366182100,varattr=,jobs=29.compuchem,state=free,netload=3698879470,gres=,loadave=2.00,ncpus=2,physmem=4025964kb,availmem=23006192kb,totmem=23556708kb,idletime=16294,nusers=1,nsessions=1,sessions=1573,uname=Linux tc1d 2.6.32-5-amd64 #1 SMP Mon Feb 25 00:26:11 UTC 2013 x86_64,opsys=linux 采用2台机子4核计算，不报错，但一直在orca_gtoint_mpi上运行。打开输出文件看，其文件就停在One electron integrals这里不动。 不知道是什么原因？是ORCA不能做多机并行计算？还是jop文件编辑不对？ 部分jop文件为： #!/bin/bash #PBS -S /bin/bash #PBS -j oe #PBS -l nodes=2:ppn=2 #PBS -l walltime=2400:00:00 #PBS -V #PBS -q batch cat "$PBS_NODEFILE" 非常感谢大家的关注！ |
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