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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 千兆网vasp跨节点并行慢的很，正常吗？
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lzllzl

木虫 (小有名气)

[交流] 千兆网vasp跨节点并行慢的很，正常吗？

请教大家：

  我们最近建立了cluster（Intel Xeon 5650 6核*2 / 48GB内存），编译：Openmpi+intel+mkl，
通讯是千兆网，vasp跨节点并行慢的很，两个节点比一个节点慢几倍，远远不如一个节点并行的计算
速度。是不是说千兆网vasp就不能很有效地跨节点并行呢？

非常感谢大家的讨论！
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1楼2012-02-18 10:59:39
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sandycug

金虫 (小有名气)
★
lzllzl(金币+2):谢谢参与
WDD880227(金币+1): 感谢分享经验~~ 2012-02-18 14:37:05
这个是很正常的
事实上，网络延迟已经成了阻碍HPC发展的一个瓶颈
5650的CPU的计算速度所需要的数据交换远非千兆网所能满足的了
至少应该上20GB的Infiniband网络
当然，万兆网也可以考虑
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2楼2012-02-18 13:43:15
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sandycug

金虫 (小有名气)
★
lzllzl(金币+2):谢谢参与
WDD880227(金币+1): 感谢交流 2012-02-18 14:37:35
VASP是一个并行效率很好的程序
如果网络允许的话
5650的CPU同时使用16个以下应该都有非常好的加速比
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3楼2012-02-18 13:46:23
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hls85915

荣誉版主 (文坛精英)
★
lzllzl(金币+2):谢谢参与
WDD880227(金币+1): 感谢提示 2012-02-18 14:37:49
很正常的，楼主不用担心
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7楼2012-02-18 13:55:13
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lzllzl

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by sandycug at 2012-02-18 13:43:15:
这个是很正常的
事实上，网络延迟已经成了阻碍HPC发展的一个瓶颈
5650的CPU的计算速度所需要的数据交换远非千兆网所能满足的了
至少应该上20GB的Infiniband网络
当然，万兆网也可以考虑

但是同样编译的abinit和pwscf能并到5个节点，速度还不错。这能不能说是
vasp编译的问题呢？
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9楼2012-02-18 15:07:59
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lzllzl

木虫 (小有名气)
但是同样编译的abinit和pwscf都能并到5个节点，能不能说是
vasp编译的问题呢？
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10楼2012-02-18 15:09:43
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wyxhenu

新虫 (小有名气)
★
lzllzl(金币+2):谢谢参与
WDD880227(金币+1): 感谢提示 2012-02-18 16:43:12
没什么问题  VASP是带并行  abinit是k点并行
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11楼2012-02-18 16:11:02
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
★
lzllzl(金币+2):谢谢参与
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2012-02-18 21:15:19
我的也是，千兆级别的更本不行，害得我现在是单机跑的。。。
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12楼2012-02-18 17:59:31
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sandycug

金虫 (小有名气)
呵呵，事实上abinit跟pwscf的并行效率都不算很好
特别是pwscf
只不过它们对网络的要求没有那么高而已
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13楼2012-02-19 14:00:36
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kanghuijun4楼
2012-02-18 13:53   回复  
lzllzl(金币+2):谢谢参与
kanghuijun5楼
2012-02-18 13:53   回复  
lzllzl(金币+2):谢谢参与
zhaojunlong3276楼
2012-02-18 13:54   回复  
lzllzl(金币+2):谢谢参与
linjinbin108楼
2012-02-18 14:13   回复  
lzllzl(金币+2):谢谢参与
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