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lzllzl

木虫 (小有名气)

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[交流] 千兆网vasp跨节点并行慢的很，正常吗？

请教大家：

我们最近建立了cluster（Intel Xeon 5650 6核*2 / 48GB内存），编译：Openmpi+intel+mkl，
通讯是千兆网，vasp跨节点并行慢的很，两个节点比一个节点慢几倍，远远不如一个节点并行的计算
速度。是不是说千兆网vasp就不能很有效地跨节点并行呢？

非常感谢大家的讨论！

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1楼 2012-02-18 10:59:39

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sandycug

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★
lzllzl(金币+2):谢谢参与
WDD880227(金币+1): 感谢分享经验~~ 2012-02-18 14:37:05

这个是很正常的
事实上，网络延迟已经成了阻碍HPC发展的一个瓶颈
5650的CPU的计算速度所需要的数据交换远非千兆网所能满足的了
至少应该上20GB的Infiniband网络
当然，万兆网也可以考虑

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2楼2012-02-18 13:43:15

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sandycug

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★
lzllzl(金币+2):谢谢参与
WDD880227(金币+1): 感谢交流 2012-02-18 14:37:35

VASP是一个并行效率很好的程序
如果网络允许的话
5650的CPU同时使用16个以下应该都有非常好的加速比

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3楼2012-02-18 13:46:23

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hls85915

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★
lzllzl(金币+2):谢谢参与
WDD880227(金币+1): 感谢提示 2012-02-18 14:37:49

很正常的，楼主不用担心

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7楼2012-02-18 13:55:13

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lzllzl

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引用回帖:

楼: Originally posted by sandycug at 2012-02-18 13:43:15:
这个是很正常的
事实上，网络延迟已经成了阻碍HPC发展的一个瓶颈
5650的CPU的计算速度所需要的数据交换远非千兆网所能满足的了
至少应该上20GB的Infiniband网络
当然，万兆网也可以考虑

但是同样编译的abinit和pwscf能并到5个节点，速度还不错。这能不能说是
vasp编译的问题呢？

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9楼2012-02-18 15:07:59

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