应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 千兆网vasp跨节点并行慢的很，正常吗？
131/1返回列表
查看: 2209  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lzllzl

木虫 (小有名气)

[交流] 千兆网vasp跨节点并行慢的很，正常吗？

请教大家：

  我们最近建立了cluster（Intel Xeon 5650 6核*2 / 48GB内存），编译：Openmpi+intel+mkl，
通讯是千兆网，vasp跨节点并行慢的很，两个节点比一个节点慢几倍，远远不如一个节点并行的计算
速度。是不是说千兆网vasp就不能很有效地跨节点并行呢？

非常感谢大家的讨论！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-02-18 10:59:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sandycug

金虫 (小有名气)
★
lzllzl(金币+2):谢谢参与
WDD880227(金币+1): 感谢分享经验~~ 2012-02-18 14:37:05
这个是很正常的
事实上，网络延迟已经成了阻碍HPC发展的一个瓶颈
5650的CPU的计算速度所需要的数据交换远非千兆网所能满足的了
至少应该上20GB的Infiniband网络
当然，万兆网也可以考虑
赞一下 回复此楼
2楼2012-02-18 13:43:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sandycug

金虫 (小有名气)
★
lzllzl(金币+2):谢谢参与
WDD880227(金币+1): 感谢交流 2012-02-18 14:37:35
VASP是一个并行效率很好的程序
如果网络允许的话
5650的CPU同时使用16个以下应该都有非常好的加速比
赞一下 回复此楼
3楼2012-02-18 13:46:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hls85915

荣誉版主 (文坛精英)
★
lzllzl(金币+2):谢谢参与
WDD880227(金币+1): 感谢提示 2012-02-18 14:37:49
很正常的，楼主不用担心
赞一下 回复此楼
7楼2012-02-18 13:55:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzllzl

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by sandycug at 2012-02-18 13:43:15:
这个是很正常的
事实上，网络延迟已经成了阻碍HPC发展的一个瓶颈
5650的CPU的计算速度所需要的数据交换远非千兆网所能满足的了
至少应该上20GB的Infiniband网络
当然，万兆网也可以考虑

但是同样编译的abinit和pwscf能并到5个节点，速度还不错。这能不能说是
vasp编译的问题呢？
赞一下 回复此楼
9楼2012-02-18 15:07:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzllzl

木虫 (小有名气)
但是同样编译的abinit和pwscf都能并到5个节点，能不能说是
vasp编译的问题呢？
赞一下 回复此楼
10楼2012-02-18 15:09:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wyxhenu

新虫 (小有名气)
★
lzllzl(金币+2):谢谢参与
WDD880227(金币+1): 感谢提示 2012-02-18 16:43:12
没什么问题  VASP是带并行  abinit是k点并行
赞一下 回复此楼
11楼2012-02-18 16:11:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

enola

捐助贵宾 (正式写手)
★
lzllzl(金币+2):谢谢参与
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2012-02-18 21:15:19
我的也是，千兆级别的更本不行，害得我现在是单机跑的。。。
赞一下 回复此楼
12楼2012-02-18 17:59:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sandycug

金虫 (小有名气)
呵呵，事实上abinit跟pwscf的并行效率都不算很好
特别是pwscf
只不过它们对网络的要求没有那么高而已
赞一下 回复此楼
13楼2012-02-19 14:00:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
kanghuijun4楼
2012-02-18 13:53   回复  
lzllzl(金币+2):谢谢参与
kanghuijun5楼
2012-02-18 13:53   回复  
lzllzl(金币+2):谢谢参与
zhaojunlong3276楼
2012-02-18 13:54   回复  
lzllzl(金币+2):谢谢参与
linjinbin108楼
2012-02-18 14:13   回复  
lzllzl(金币+2):谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 lzllzl 的主题更新
131/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭